NKÚ zásadně nesouhlasí s tvrzením MŽP, že by jeho hodnocení stavu ovzduší v ČR vycházelo z prostého meziročního srovnání. NKÚ si je samozřejmě vědom vlivu rozptylových podmínek na kvalitu ovzduší. Ve svém závěru proto uvádí také průměr hodnot za posledních pět let (2013-2017) pro vybrané znečišťující látky, který vypovídá o kvalitě ovzduší lépe. To, že se kvalita ovzduší příliš nezlepšuje, uvádí i samotné MŽP ve Zprávě o stavu životního prostředí za rok 2017, kterou schválila vláda. Jako zavádějící lze tedy označit spíše tvrzení MŽP, když nyní uvádí, že kvalita ovzduší v ČR se postupně zlepšuje.

V kontrolním závěru NKÚ nezpochybňuje, že ČR některé mezinárodní závazky ve vztahu ke kvalitě ovzduší plní nebo se jejich splnění blíží. Považuje ale za velmi důležité uvést, že v případě nepřekročitelných hodnot národních emisí stanovených k roku 2020 je situace naprosto opačná. Jedná se přitom o limity, které si ČR sama stanovila v roce 2015.

NKÚ souhlasí s tvrzením, že podpora výměny kotlů je podpůrným nástrojem, který má přispět k urychlení výměny nevyhovujících kotlů 1. a 2. emisní třídy. V kontrolním závěru ale současně upozorňuje, že podle dostupné statistiky ČSÚ z roku 2011 bylo v provozu téměř 600 tisíc nevyhovujících kotlů, jejichž plošný zákaz bude účinný od 1. 9. 2022. Z pohledu NKÚ je naopak zavádějící spekulace ze strany MŽP o počtu kotlů, které si lidé vymění sami bez dotací. K tomuto tvrzení totiž nejsou dostupné žádné objektivní informace.

Ve svých dalších reakcích MŽP naopak závěry NKÚ potvrzuje a samo přiznává, že z nich bude vycházet ve svých dalších krocích.