V účetní závěrce za rok 2015 kontroloři zjistili významné nesprávnosti za téměř 2,5 miliardy korun. MSp chybovalo ve všech účetních výkazech, které tvořily účetní závěrku – ve výkazu rozvaze, ve výkazu zisku a ztráty i v příloze - a to mělo na účetní závěrku rozsáhlý dopad.

MSp v účetní závěrce uvedlo nesprávné informace o hodnotě stálých i oběžných aktiv, vlastního kapitálu, cizích zdrojů, výnosů a o hodnotě většiny podrozvahových účtů. Podle NKÚ tak účetní závěrka MSp za rok 2015 nepodává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví.

Více než polovinu, a to 1,3 miliardy korun, z celkových nesprávností, které kontroloři v účetnictví zjistili, tvořily nevykázané podmíněné závazky. Účetní závěrka MSp za rok 2015 proto obsahuje nesprávné informace o nárocích na budoucí rozpočty. Na tento nedostatek NKÚ upozorňuje ve finančních auditech ministerstev pravidelně.

MSp postupovalo nesprávně také při odpisování dlouhodobého majetku, a to už od roku 2011, kdy organizačním složkám státu vznikla tato povinnost. MSp například nepoužívalo kvalifikovaný odhad zbývající doby, po kterou bude odpisovaný majetek používat. Tím neodpisovalo dlouhodobý majetek po celou dobu jeho používání. Například u budovy svého sídla za téměř 130 milionů korun proto už v roce 2011 odepsalo jednorázově 95 % hodnoty této budovy.

Nesprávné a neúplné bylo účetnictví MSp i v oblasti transferů. Ministerstvo neúčtovalo o výnosech, o dohadných účtech ani o jmění účetní jednotky. Stále také vykazovalo přijaté zálohy na transfery, které už měly být zúčtovány.

Kontrola vedle nedostatků v oblasti účetnictví upozornila například na to, že MSp poskytlo do zahraničí dobrovolný příspěvek ve výši 543 tisíc korun bez souhlasu vlády. Ten byl přitom nutný, a MSp tak porušilo rozpočtová pravidla.