Kontroloři se zaměřili na úplnost a správnost údajů a také na identifikaci případných systémových rizik. V účetní závěrce MZ kontroloři zjistili významné nesprávnosti přesahující 5 miliard korun. Pokud by MZ nepřijalo opatření k jejich nápravě, nesprávnosti ovlivní účetní výkazy za Českou republiku, protože údaje z účetnictví za rok 2015 budou poprvé sloužit jako podklad pro sestavení těchto výkazů.

Více než 3,4 miliardy korun ze zjištěných nesprávností se týkaly jednoho z podrozvahových účtů. Zmíněný účet slouží k vykazování podmíněných závazků ministerstva jako poskytovatele dotací konečným příjemcům. MZ nevedlo evidenci tak, aby z ní bylo jasné, z jakých podmíněných závazků se zůstatek tohoto účtu skládá. Při vykazování zůstatku navíc porušilo účetní předpisy. Nesprávnosti u podmíněných závazků mají mimo jiné dopad na vyčíslení nároků na budoucí rozpočet.

Podle kontrolorů druhá nejvýznamnější chyba ve výši téměř jedné miliardy korun souvisela s nesprávným vykazováním zásob antivirotik. V jejich ocenění MZ nezohlednilo, že u některých šarží došlo k dočasnému či trvalému snížení hodnoty zásob. Většina antivirotik totiž měla prošlou dobu použitelnosti. Některé šarže by ale bylo možné použít v případě pandemie, protože obstály ve zkouškách na obsah účinné látky. Jiné šarže v této zkoušce naopak neobstály a jejich použití by nebylo možné ani ve výjimečných situacích. MZ ale všechny tyto šarže vykázalo v původním ocenění a tím zásoby nadhodnotilo.

Ke spolehlivosti údajů účetní závěrky jako celku se NKÚ nevyjádřil, a to v důsledku nejasností v předpisech týkajících se zejména předfinancování transferů spolufinancovaných z EU. Tyto transfery tvořily tak významnou část účetní závěrky MZ, že kontroloři nemohli posoudit, jestli účetní závěrka jako celek podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví.

Kontroloři prověřili i finanční výkaz, který slouží pro hodnocení plnění rozpočtu, a zjistili v něm nesprávnosti za téměř 326 milionů korun. Při prověřování závěrečného účtu kontroloři významná pochybení nezjistili.

Kontrola kromě nedostatků v účetnictví upozornila i na to, že MZ porušilo zákon o dani z přidané hodnoty. Ministerstvo totiž dodávalo teplo z vlastní kotelny dvěma dalším subjektům, aniž by se registrovalo jako plátce DPH. Při této činnosti ale dosahovalo MZ obratu ve výši, která vede k povinnosti se registrovat.