Národní park Podyjí je mezi našimi národními parky tím, který nejlépe odpovídá mezinárodním kritériím pro tuto kategorii chráněného území a který se nejrychleji přibližuje naplnění dlouhodobých cílů ochrany. O těchto kvalitách svědčí i některá ocenění, které NP Podyjí získal: Diplom Rady Evropy pro chráněná území, deklarující kvalitu péče o území, či Certifikát přeshraniční spolupráce Federace Europarc.

Problematika ochrany přírody v národních parcích představuje jednu z hlavních priorit ochrany přírody a krajiny v České republice. O tom svědčí i zásadní novela zákona o ochraně přírody a krajiny, kterou MŽP připravilo v roce 2014 a která se v současné době projednává v Poslanecké sněmovně Parlamentu ČR. Schválení tohoto zákona by mělo přinést kromě jiného jasné stanovení cílů ochrany národních parků, jejich poslání a zajistit transparentnost v péči o nejcennější území v České republice, tedy v národních parcích. V průběhu letošního roku a po schválení novely zákona o ochraně přírody a krajiny začne MŽP zpracovávat Strategii rozvoje národních parků. Ta by měla široké veřejnosti představit význam národních parků, společenské funkce, které parky naplňují, a měla by také definovat hlavní dlouhodobé úkoly národních parků a jejich vize.