Spolu s tímto zákonem byl rovněž publikován zákon č. 243/2016, kterým se mění některé zákony v souvislosti s přijetím celního zákona a související podzákonné právní předpisy jako:

-       nařízení vlády č. 244/2016 Sb., k provedení některých ustanovení celního zákona v oblasti statistiky,

-       vyhláška č. 245/2016 Sb., k provedení některých ustanovení celního zákona,

-       vyhláška č. 246/2016 Sb., o způsobu provádění osobní prohlídky celníkem,

-       sdělení Českého statistického úřadu č. 247/2016o stanovení Seznamu vybraného zboží a doplňkových statistických znaků

Účinnost těchto právních norem je od 29. 7. 2016 s výjimkou některých ustanovení uvedených v příslušných předpisech.