Plavební komora Kostomlátky je v provozu od roku 1937 a její technický stav si vyžádal celkovou rekonstrukci. Rekonstrukce probíhá na etapy, neboť je možné ji provádět pouze v době plavební odstávky, vyhlašované každoročně Státní plavební správou v podzimních měsících. Stěny plavební komory byly opraveny v letech 2008 a 2009, zbývá opravit dno, ve kterém jsou při pravidelných kontrolách pozorovány poruchy. Oprava dna plavební komory včetně proběhne v termínu od 29. 9. do 7. 12. 2020.  Stavební práce budou započaty zahrazením plavební komory provizorním hrazením a jejím vyčerpáním. Při opravě bude odříznuto dno plavební komory od základového pasu zdí a poté po etapách vybouráno. Po zřízení drenážního systému pro odvodnění dna včetně jímek bude proveden podkladní beton a pak betonové dno plavební komory. Délka opravovaného dna je 82,15 m, šířka dna je 11,4 m.

Celková cena opravy dna plavební komory je 9,99 mil. Kč a bude hrazena z dotačních prostředků Státního fondu dopravní infrastruktury. Opravu provede firma LABSKÁ, strojní a stavební společnost s.r.o.

Po dobu opravy dojde ke snížení vodní hladiny o 1,5 m v nadjezí i podjezí jezu Kostomlátky (zdrž Kostomlátky a Hradištko). Snižování hladiny ve zdržích je nezbytné kvůli snížení průsaků do staveniště při vyčerpání plavební komory a z důvodu redukce vztlaku na základovou spáru. Hladina začne být snižována v úterý 29. 9. a na požadovanou úroveň se dostane za 5 dní. Snížení hladiny potrvá 8 týdnů.

Odbornou firmou Natura servis s.r.o. byla už v rámci projektové přípravy navržena opatření pro eliminaci negativních dopadů realizace akce na vodní a na vodu vázané rostliny a živočichy. Proto zhotovitel stavby zajistí při snižování hladin v celé délce zdrží, včetně slepých ramen a nehrazených přítoků, odborný dohled, záchranný odlov a odborný transfer živočichů (velevrub malířský, škeble rybničná, skokan skřehotavý apod.) a rostlin rodu Nymphaea (leknín bílý a leknín bělostný). Vedením a dohledem nad těmito činnostmi zhotovitel pověřil odborně způsobilou osobu  - RNDr. Jiřího Veselého. Zhotovitel v rámci realizace akce dále zajistí tam, kde to bude technicky možné, technická opatření k zamezení výtoků z tůní a zahradí ústí přítoků tak, aby nedošlo k zaklesnutí hladiny. V případě obnažení dna koryta toku s výskytem rostlin rodu Nymphaea bude dno udržováno vlhké, aby nedošlo k vyschnutí rostlin.

Povodí Labe ještě bude zajišťovat prostřednictvím firmy Natura servis s.r.o. odborný dozor nad těmito činnostmi zhotovitele. 

V rámci přípravy stavby byla zajištěna veškerá potřebná povolení, které vydal MěÚ Nymburk – odbor ŽP. Jedná se především o souhlas s provedením prací, souhlas se zásahem do významného krajinného prvku, povolení k mimořádné manipulaci na obou zdržích.