Náhlé oteplení a vydatné srážkové činnosti, zejména ke konci března 2006, způsobily rychlé odtávání sněhové pokrývky. Důsledkem toho došlo ke značným nárůstům průtoků na vodních tocích. Ve dnech 26. 3. až 3. 4. 2006 byly na území ve správě Povodí Moravy, s. p. zaznamenány dvě povodňové vlny.

Již od 26. 3. 2006 docházelo k vzestupům hladin některých vodních toků s dosažením stupňů povodňové aktivity (SPA). Od 27. 3. do 29. 3. docházelo vlivem dalších vydatných srážek k razantním nárůstům průtoků. Ve většině sledovaných profilů na vodních tocích byly dosaženy III. SPA. Kulminace hladin ve sledovaných profilech vysoce přesáhly hranice III. SPA. Vodní stavy odpovídající III. SPA byly dosaženy ve 32 sledovaných profilech.

Vlivem další srážkové činnosti docházelo od 31. 3. do 1. 4. k druhé povodňové vlně, kdy kulminace na některých profilech byly vyšší než v případě první vlny (např. Balinka, Svratka, Jihlava, Oslava, Moravská Sázava atd.). Během dalších dnů docházelo k mírným poklesům hladin.

V povodí Dyje se kulminační průtoky převážně pohybovaly v rozmezí pěti a dvacetileté povodně, místy padesátileté, na Dyji nad VD Vranov dokonce až pětisetleté a v úseku pod VD Vranov dvousetleté povodně. V povodí Moravy po soutok s Dyjí kulminace odpovídaly průtokům pětileté až dvacetileté, na samotné řece Moravě stoleté povodně.

V různých oblastech povodí Moravy postupně docházelo ke zvyšování SPA, rozlivům vody nejdříve do inundací, polí, lesů a dalších neobydlených částí území. Později docházelo k postupnému zaplavování sklepů a na některých místech i obydlí. Povodňové komise v různých částech území vyhlásily stav ohrožení, některá města evakuovala obyvatele. Mimořádné situace nastaly v důsledku překročení kapacity ochranných hrází a jejich přelití či destrukci (např. protržením hráze Cholinky a řeky Moravy došlo k zaplavení tří městských částí Olomouce).