Za vybudování Centrálního úložiště elektronických receptů SÚKL zaplatil v letech 2007 až 2016 téměř 318 milionů korun, jeho provoz bude v následujících čtyřech letech stát přibližně čtyři a půl milionu korun ročně. Využití tohoto systému je přitom minimální – od srpna roku 2011 do října roku 2016 bylo v České republice vydáno necelých pět milionů elektronických receptů, což představuje zhruba jen jeden a půl procenta ze všech vydaných receptů.

SÚKL si také při budování systému „eRecept“ nevyhradil možnost tento systém modifikovat, případně jej upravovat třetí stranou, ani celkově nevyjasnil autorská práva k jeho používání. Kvůli tomu se dostal do sporu s dodavatelem, který vyústil až v soud a pozastavení provozu systému od prosince roku 2015 do března roku 2016.

Nedostatky v oblasti IT se ale netýkaly jen Centrálního úložiště elektronických receptů. SÚKL v letech 2005 až 2009, kdy přecházel na novou IT architekturu a vytvářel datový sklad, neměl licence na používání některých softwarových aplikací. Tím porušoval licenční práva. Dodavateli softwaru pak v rámci dohody o narovnání zaplatil 120 milionů korun.

Kontroloři se zabývali také financováním ústavu a jeho účetnictvím. SÚKL podle zákona vybírá od farmaceutických firem peníze za odborné úkony – jde o mimorozpočtové příjmy, ze kterých financuje svoji činnost. Jen v letech 2013 až 2015 takto inkasoval více než jeden a půl miliardy korun. SÚKL ale z těchto příjmů vytvářel rezervní fond, což nemá oporu v zákoně, a současně vykazoval nižší závazky. Takový způsob financování ovlivňuje podobu účetní závěrky a významně zkresluje pohled na finanční situaci SÚKL.