V rámci připomínkového řízení k uvedenému zákonu, které probíhalo v roce 2011, ÚOOÚ uplatnil zásadní připomínky, zejména týkající se slučování registrů, poskytování rodného čísla, a registru lékařů. Ministerstvo zdravotnictví zásadní připomínky ÚOOÚ neakceptovalo a zákon č. 372/2011 Sb. byl následně schválen Parlamentem.

Oproti uzákonění NZIS probíhalo v roce 2015 připomínkové řízení k novele zákona č. 372/2011 Sb. a o reformě NZIS intenzivně osobním jednáním zástupců Ministerstva zdravotnictví, ÚOOÚ a ředitele Ústavu zdravotnických informací a statistiky ČR (ÚZIS), který objasnil podstatu a obsah reformy NZIS. V rámci jednání vycházel ÚOOÚ z již daného stavu NZIS tak, jak byl nastaven zákonem v roce 2011. Podstata připomínek ÚOOÚ však tentokrát byla Ministerstvem zdravotnictví akceptována a do důvodové zprávy zapracována. ÚOOÚ vzal na vědomí stanovisko vedení Ministerstva zdravotnictví i ÚZIS, jako odborných garantů novely, že jiná podoba reformy NZIS není vzhledem k danému stavu možná a že jejich cílem je konečně zprovoznit NZIS tak, aby byl smysluplný a funkční a umožnit následně postavit NZIS na zcela nových základech.

Diskutována byla zároveň příprava zvláštního zákona o NZIS, a to do dvou let od schválení projednávané novely. V důvodové zprávě předlohy novely, v části zhodnocení dopadů navrhovaného řešení ve vztahu k ochraně soukromí a osobních údajů (DPIA), byl popsán tok dat, upraveny lhůty pro anonymizaci údajů u některých registrů, zpřesněn popis jednotlivých registrů a jejich účely.

Přetrvává požadavek ÚOOÚ, aby celková, v budoucnu připravovaná, reforma NZIS prošla hlubší odbornou oponenturou. Za podnět pro odbornou veřejnou diskuzi považuje ÚOOÚ vyjádření předsedy České společnosti paliativní medicíny České lékařské společnosti Jana Evangelisty Purkyně prim. MUDr. Ladislava Kabelky, PhD., zaslané ÚOOÚ na vědomí a vyjadřující podporu navržené novele.

Z hlediska ústavněprávního a kritického pohledu na zákonné nastavení ochrany osobních údajů v NZIS je třeba upozornit, že evropské právo, z něhož zákonná ochrana osobních údajů vychází, stanoví toliko zásady a základní práva a povinnosti při zpracování osobních údajů; volba způsobu a prostředků zpracování údajů, jak bude vše potřebné probíhat, je v případě veřejného práva obvykle věcí národní legislativy, tedy věcí rozhodnutí Parlamentu. V současnosti, kdy jsou stále více používány internetové služby a kdy roste elektronizace veřejné správy, je velmi obtížné řešit praktické otázky ochrany osobních údajů až ve fázi připomínkového řízení k návrhu právního předpisu. ÚOOÚ v této fázi poskytuje konzultaci, a to většinou pouze ke konkrétnímu a detailněji popsanému řešení, které je předloženo k připomínkám a které vypracoval odborný tým příslušného ministerstva. ÚOOÚ jako dozorový úřad nemůže, konzultační ani kontrolní činností, včasnou přípravu mechanismů zpracování údajů plně nahradit. Proto je třeba dále uvést, že ÚOOÚ po nabytí účinnosti nyní projednávané reformy podrobí NZIS kontrole.