Finanční úřad sice posléze ve prospěch příjemce konstatuje, že k porušení rozpočtové kázně nedošlo, ale poskytovatel „zadrženou“ část dotace stejně nevyplatí a tvrdí, že nikoli finanční úřad, ale poskytovatel sám může posoudit, jestli byly podmínky porušeny nebo ne. Porušení pravidel však nemusí příjemci prokazovat, nevede žádné transparentní správní řízení a donedávna zákon dokonce vylučoval soudní přezkum zastavení toku průběžně proplácené dotace.

Příjemci, kterým byla dotace přiznána, a s těmito finančními prostředky oprávněně počítali, se tak dostávají do složité situace. V jednání poskytovatele pak přirozeně spatřují prvek libovůle a netransparentnosti.

Jedním z poskytovatelů, jehož postupem se veřejná ochránkyně práv zabývala, je Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy. V rámci operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost přiznalo dotaci, ale následně část nevyplatilo. Na příslušný Finanční úřad nahlásilo údajné nesrovnalosti v čerpání dotace. Finanční úřad provedl u příjemce dotace daňovou kontrolu se závěrem, že se příjemce nedopustil porušení rozpočtové kázně. MŠMT přesto odmítlo dotaci vyplatit s tím, že si samo provedlo kontrolu a s názorem Finančního úřadu nesouhlasí. Přitom však nevedlo řízení o odnětí dotace na základě porušení pravidel.

Podle ochránkyně zákon umožňoval ministerstvu dotaci nevyplatit pouze dočasně. Avšak o tom, zda opravdu došlo k porušení uvedených pravidel, se muselo rozhodnout v jiném řízení – a to buď finanční úřad při stanovení odvodu za porušení rozpočtové kázně či sám poskytovatel v řízení o odnětí dotace. Jednání ministerstva, které nevyplatilo přiznanou dotaci navzdory názoru finančního úřadu a bez toho, aby rozhodlo o jejím odnětí, nemělo zákonný podklad a opíralo se pouze o metodiky. Takové jednání je však podle ochránkyně v rozporu s rozpočtovými pravidly, s Ústavou i Listinou, které zaručují, že státní moc je vykonávána jen na základě zákona.

O tom, zda mohou poskytovatelé postupovat tímto způsobem, bude rozhodovat i rozšířený senát Nejvyššího správního soudu.