Výstavba kanálu by byla podle nich jedním z největších zásahů člověka do fungování zbytků relativně přirozených ekosystémů ČR a střední Evropy kvůli krátkodobému ekonomickému prospěchu. S výstavbou proto zásadně nesouhlasí.

Výstavba kanálu by si podle komise Akademie věd vyžádala rozsáhlé zemní práce. Těžce by narušily přirozený rozklad organických látek a následně způsobily ztrátu vody z dotčených půd a snížily jejich absorpční schopnosti.

Extrémní investiční náročnost

Vědci poukazují také na extrémní investiční náročnost, podle odhadů by si stavba vyžádala stovky miliard korun. Provozní náklady by podle odborníků znásobila nízká vodnatost české krajiny a nutnost překonávat velké výškové rozdíly. Nemůže se prý proto očekávat, že by se kanál využíval pro pravidelnou nákladní kontejnerovou dopravu.

Navíc by kanál zhoršoval hospodářské výsledky v současnosti kapacitně značně nevytížené souběžné železniční dopravy, upozornila komise. Ekologickou újmu z výstavby odhadla pomocí metody hodnocení biotopů ČR na 16,5 miliardy korun, následný pokles biodiverzity a každoroční úbytek životodárných služeb ekosystémů minimálně na desítky miliard korun.