Komise na konci května vydala auditní zprávu, podle které má Babiš na Agrofert dál vliv a současně má jako předseda vlády vliv i na použití unijních peněz. Česku proto hrozí, že by mohlo podle předběžné zprávy vracet do rozpočtu Evropské unie kolem 450 milionů korun dotací, které Agrofert čerpal.

Evropské dotace začalo Česko čerpat hned v roce 2004 v programovém období, které skončilo v roce 2006. Podle údajů MMR v něm vyčerpalo celou přidělenou částku 62 miliard korun.

V programovém období 2007 až 2013 zůstala nevyčerpána asi čtyři procenta ze zhruba 700 miliard korun přidělených dotací.

Podle kritiků se tehdy často financovaly zbytečné projekty, jako například rozhledny, ze kterých nebylo téměř nic vidět, golfová hřiště nebo hotely, které jsou dnes nevyužívané. Některé projekty kvůli podezření z korupce skončily u soudu.

Programové období 2014 až 2020 fakticky začalo až v roce 2015, kdy Evropská komise schválila jednotlivé programy. Česko v něm může získat asi 615 miliard korun. Podle ministryně pro místní rozvoj Kláry Dostálové (za ANO) se čerpání měří podle plnění takzvaného pravidla N + 3. To znamená, že státy musejí do tří let vyčerpat dotace, které jim byly v daném roce přiděleny. „Za loňský rok se nám to povedlo, Evropské unii jsme žádné peníze vracet nemuseli. Letos ke konci března měly toto pravidlo pro letošní rok splněné čtyři programy z deseti. A většina to stihne nejpozději do konce července,“ sdělila dříve ministryně ČTK. Za loňský rok EK Česku na dotacích proplatila 80,5 miliardy korun, letos by to podle Dostálové mělo být asi 90 miliard. Do konce dubna komise proplatila necelých 20 miliard korun, celkem za celé programové období 165 miliard.