Petráček se dostal do sporu s kardinálem Dominikem Dukou a ten ho nakonec odvolal z funkce sídelního kanovníka Kolegiátní kapituly Všech svatých na Pražském hradě. Počátek tohoto sporu tkvěl prý v tom, že se Petráček a Duka rozcházeli v pohledu na kázání profesora Petra Piťhy k tzv. Istanbulské úmluvě z roku 2018.

V něm mons. Piťha uvedl, že po přijetí Istanbulské úmluvy může přijít den, kdy budou homosexuálové vyhlášeni za nadřazenou rasu a kdo se v rozporu s jejich pojetím rodiny bude zastávat tradičního modelu rodiny, může skončit v koncentračním táboře.

Petráček s tímto názorem nesouhlasil, dal to najevo, a Duka po něm chtěl, aby se Piťhovi omluvil. To však Petráček odmítl. „Myslím, že ve smyslu zakladatele kapituly, kterým byl Karel IV., jednám mnohem spíš já než probošt Piťha,“ poznamenal Petráček v rozhovoru pro Reflex.cz s tím, že pan kardinál byl zjevně jiného názoru.  

Petráček má za to, že v jeho vyhazovu sehrály roli i osobní důvody. „Je to nepochybně osobní. Tam k tomu není žádný věcný důvod. Jediným důvodem je, že probošt Piťha, který mimochodem už by měl být sedm let emeritovaný a neměl by v té kapitule de facto působit z hlediska kanonických předpisů, tak není schopen unést to, že bych byl nadále členem kapituly. Je tam ta bytostná potřeba mě potrestat,“ popsal svůj pohled na Piťhovo uvažování Petráček s tím, že vychází ze zpráv od přátel, kteří v kapitule stále působí.

Petráček také konstatoval, že v 19. a 20. století vedla katolická církev řadu kulturních válek s moderní společností. V této válce se církev dopouštěla i chyb, např. když se v minulém století kněží sbližovali s italskými fašisty. Církev na to tehdy doplatila. Petráčkovi se zdá, že kardinál Duka s Petrem Piťhou v těchto válkách pokračují i ve 21. století a stejně jako jejich předchůdci, i Duka a Piťha mohou udělat chybu a doplatit na spojení s politiky, kteří rozehrávají nacionalistické noty.

Petráček má pocit, že kupříkladu v Polsku je katolická církev jednou z opor vládní strany Právo a spravedlnost, a kněz to považuje za problém. V České republice se prý chová podobně Václav Klaus mladší stojící v čele Trikolóry a Petráčkovi je líto, že mu řada lidí naslouchá, místo toho, aby podpořili evropské hodnoty. Nechápe např., proč řada Čechů útočí na německou kancléřku Angelu Merkelovou. Kněz by prý vůbec nic neměl proti konstruktivní kritice, ale českou kritiku Angely Merkelové v poslední době nepovažuje za konstruktivní.

Za chybnou považuje Petráček i válku proti Istanbulské úmluvě. Ta v prvé řadě usiluje o omezení násilí páchaného na ženách a z tohoto pohledu jde prý o dokument, který by církev měla podporovat. Jenže nepodporuje.