Na konci roku 1989 pobývalo ve věznicích na území dnešní ČR 22.365 lidí, včetně zhruba 3000 obviněných. Podle statistiky Institutu pro kriminologii a sociální prevenci (IKSP) bylo v lednu 1990 na základě amnestie propuštěno 12.600 odsouzených a 1200 obviněných. Během roku 1990 k nim přibyli vězni, kteří se dostali na svobodu díky zkrácení trestu. V celém Československu bylo k 1. lednu 1990 za mřížemi zhruba 31.000 odsouzených a amnestie se dotkla zhruba dvou třetin z nich.

"Čtyřicet let špatného vyšetřování, souzení a věznění nelze odstranit ze dne na den... Vzpourami nepomohou ani této společnosti, ani sobě," apeloval Havel v novoročním projevu na vězně. "Veřejnost pak žádám, aby se propuštěných vězňů nebála, neztrpčovala jim život a pomáhala jim v křesťanském duchu po jejich návratu mezi nás nalézat v sobě to, co v nich nedokázaly nalézt věznice: schopnost pokání a touhu řádně žít," vyzýval také čerstvě zvolený prezident.

Už bezprostředně po vyhlášení amnestie se ale na veřejnosti ozývaly hlasy kritizující rozhodnutí hlavy státu, rozsáhlý pardon vyvolal zejména obavu ze zvýšení kriminality. "Ano, byla opravdu velkorysá. Bylo ale třeba dát jasně najevo, že se zásadně mění poměry a že se chceme rozejít i se vším pokleslým, čím se vyznačovala komunistická justice", napsal Václav Havel o řadu let později. Připustil však, že společnosti nebyla celá amnestie řádně vysvětlena.

Statistiky sice zaznamenaly zvýšení kriminality, je však otázkou, zda to byl přímý důsledek amnestie. Podle výzkumu IKSP z roku 1991 stáli amnestovaní v prvních osmi měsících roku 1990 za osmi procenty vyřešených trestných činů v české části federace, na Slovensku to bylo o procentní bod méně. A na konci roku 1991 tvořili amnestovaní čtvrtinu obyvatel českých věznic. Podle závěrů institutu tak amnestie při vzestupu kriminality v letech 1990 a 1991 nebyla rozhodujícím faktorem.

Během let strávených na Pražském hradě ve funkci československého a českého prezidenta vyhlásil Václav Havel ještě další dvě amnestie, obě po zvolení do funkce. V roce 1993 amnestoval hlavně nedbalostní trestné činy. Z věznic tehdy bylo propuštěno asi 130 lidí. O pět let později rozhodl o omilostnění osob, jež byly poprvé trestně stíhány nebo byly prvně odsouzeny za méně závažné trestné činy. Věznice díky tomu opustilo 955 obviněných a odsouzených.

Po Havlovi vyhlásil amnestii ještě Václav Klaus, a to v lednu 2003 ke 20. výročí vzniku samostatné ČR. Po ní opustilo vězení zhruba 6500 vězňů a byly prominuty i menší tresty. Klaus ale také zastavil stíhání trvající déle než osm let u trestných činů se sazbou do deseti let. Za to se na něj snesla kritika, neboť abolice se týkala také hospodářských případů s miliardovými škodami, například částí kauzy H-System nebo zmanipulovaných konkurzů kolem soudce Jiřího Berky.