Navrhovaná metodika pro vysoké školy má používat tři z pěti modulů obecného návodu na hodnocení vědy. Jsou jimi společenská relevance, životaschopnost a strategie. Hodnocení kvality výsledků a výkonnosti výzkumu na vysokých školách na národní úrovni má rada vlády zajišťovat zvlášť. Ve veřejných, státních i soukromých vysokých školách by se měla věda hodnotit stejným způsobem. Předmětem hodnocení má být vždy škola jako celek.

Vysoké školy by podle návrhu měly mít možnost zabezpečit si organizaci hodnocení samy. Na tuto činnost by dle návrhu mohly použít nespotřebované výdaje státního rozpočtu na výzkum. „Toto řešení bude bezpochyby efektivnější než zvyšování výdajů státní správy,“ stojí ve vládních podkladech. Objektivnost hodnocení má zajistit odborné posouzení mezinárodní evaluační komisí.

Rada vlády rovněž hodlá navrhnout, aby kabinet uložil vysokým školám připravit pravidla pro poskytování peněz na dlouhodobý rozvoj vědy v letech 2021 až 2025. Pravidla by dle rady měla naplnit požadavek transparentnosti, předvídatelnosti a stabilizace podpory.

Pro výzkumné instituce je hodnocení vědy zásadní věc, protože na něm záleží, kolik peněz ze státního rozpočtu dostanou. Veřejné vysoké školy, které má na starosti ministerstvo školství, produkují více než 60 procent vědeckých výsledků.

Metodika 2017+ rozděluje výzkumné organizace do tří segmentů, a to vysoké školy, ústavy Akademie věd ČR a resortní výzkumné organizace. Nový systém hodnocení nemá srovnávat výsledky vědy mezi jednotlivými obory a oproti minulosti se v něm výsledky výzkumných organizací více porovnávají se světem.