Nástup varianty koronaviru označované jako omikron vyžaduje důkladnou diskusi o vakcínách. Hlavním rysem omikronu totiž jsou podstatné změny ve struktuře proteinu S, proti kterému jsou současné, provizorně povolené vakcíny zaměřeny. Americký úřad pro kontrolu infekčních onemocnění ve svém stanovisku k nové variantě uvádí, že na základě rozsahu mutací a jejich umístění v části kódující S protein se předpokládá, že dojde k významnému snížení neutralizující aktivity séra očkovaných nebo předtím infikovaných jedinců, což může znamenat sníženou ochranu před infekcí. Jinými slovy – vyvstává otázka, zda jsou současné vakcíny proti omikronu účinné.

U klasických vakcín by nástup nové varianty takový problém být nemusel. Klasické vakcíny využívají celé viry (usmrcené nebo pozměněné), v každém případě takové vakcíny vyvolávají reakci imunitního systému na všechny podstatné části viru, jichž má koronavirus 27. Virus tak nemá mnoho možností, jak mutacemi před očkováním uniknout – mutace v jedné části mu nepomohou a zmutovat najednou na všech imunitou kontrolovaných místech je silně nepravděpodobné. Dnešní, tzv. genové vakcíny, nesou genetickou informaci pouze pro jedinou malou část koronaviru, takže pokud se virus v tomto místě změní, může jim uniknout. A viry se pod selekčním tlakem umí měnit velmi rychle a velmi rozsáhle.

V současnosti používané vakcíny byly Evropskou agenturou pro léčivé přípravky (EMA) povoleny pouze podmínečně, protože studie o bezpečnosti a účinnosti nebyly dokončeny, což neznamená nic jiného, než že jejich bezpečnost a účinnost není známa. Jelikož je pravděpodobné, že omikron do jara zcela vytěsní u nás dnes drtivě převažující deltu, stejně jako delta od jara vytěsnila variantu předchozí, nástup omikronu situaci zásadně mění. Výzkum vakcín se tak posouvá opět na začátek, přinejmenším z hlediska účinnosti. EMA při povinné, pravidelné každoroční revizi údajů o účinnosti a bezpečnosti vakcín může shledat, že poměr rizika a prospěšnosti není pozitivní, a bude tedy muset podmínečnou registraci zrušit. Vláda by ovšem na stanovisko EMA čekat neměla, protože jeho příprava je dána úředními termíny, přičemž nástup omikronu může být mnohem rychlejší. Vláda tak může brzy být v situaci, kdy bude rozhodovat o aplikaci vakcín navržených na 2 roky starou variantu viru, přičemž populací se bude šířit varianta, která je z hlediska vakcín podstatně odlišná. Slušná vláda v takové situaci své občany na tuto skutečnost přinejmenším upozorní, podle zvyklostí oboru by vakcinační akce byla nejspíše zastavena.