Hermanovo odvolání vyvolalo slovní přestřelky mezi levicí a pravicí, politici se vzájemně obviňovali ze snahy ovlivňovat chod instituce. Proti změnám se postavila i část zaměstnanců. Kvůli odchodu Hermana odstoupili všichni členové vědecké rady, která je poradním týmem ÚSTR. Nově zvolená ředitelka ústavu Pavla Foglová se rozhodla zbavit i zbývajících členů vedení ústavu.

Senátní výbor pro lidská práva navrhoval horní komoře schválit, že výroční zpráva rady ústavu ve složení, kterou volil ještě pravicový Senát, nedostatečně popisuje spolupráci ústavu s jinými institucemi, neobjasňuje potřebu úspor a současné navýšení počtu zaměstnanců ÚSTR a obsahuje "značné nedostatky v oblasti výzkumné, badatelské a dokumentační činnosti".

U projektů nejsou uvedena jména jejich řešitelů a není zřejmé, jaké mají být jejich výsledky, chybí i průběžné výsledky u dlouhodobých projektů, uvedla senátorka ČSSD Hana Doupovcová. Podobné námitky měla i současná předsedkyně rady Petruška Šustrová. "Pokládáme některá vylíčení za nekonkrétní," uvedla s tím, že ústav se potýká s velkou fluktuací zaměstnanců zejména ve vědecké oblasti.

Senátor ODS Tomáš Grulich namítl, že zpráva obsahuje verbální popis spolupráce ústavu s jednotlivými institucemi včetně Ústavu pro soudobé dějiny. K odchodu 18 a náboru 19 zaměstnanců řekl, že ústav dostal zákonem nové úkoly ohledně ocenění účastníků protikomunistického odboje. Výsledky práce ústavu jsou pak prezentovány na seminářích a konferencích, podotkl.