Společně s Ošťádalem Zeman nejmenoval další dva navržené, ředitele Národní galerie Jiřího Fajta a Jana Eichlera z Vysoké školy ekonomické. Podle akademiků prezident svým otálením nerespektuje závazný pokyn vědecké rady a usnesení vlády. Domnívají se, že narušuje autonomní povahu řízení o jmenování profesorem, a tím i samostatnost a nezávislost vysokých škol. Zároveň prý zpochybňuje akademická práva a univerzitní svobody.

Soudního projednání Ošťádalovy žaloby se prezident nezúčastní. Trvá na tom, že fyzik byl podle dochované evidence „nikoliv agentem, ale rezidentem Státní bezpečnosti, což je víc než agent“. Dále zmínil, že závazek spolupráce podepsala i Ošťádalova manželka.

Zeman zasáhl do jmenování profesorů už v květnu 2013, kdy odmítl literárního historika Martina C. Putnu.