Transparency International v jednom konkrétním řízení poplatek nezaplatila, úřad se jejím podnětem nezabýval a organizace podala žalobu ke Krajskému soudu v Brně. Soud ji zamítl s vysvětlením, že úřad jednal podle zákona a že poplatek spojený s podáním podnětu nemá protiústavní charakter. Stejný názor zaujal Nejvyšší správní soud.

Poplatek má zabránit zneužívání podnětů k zahájení správního řízení. V zákoně se objevil na základě poslanecké iniciativy. Norma konkrétně říká, že úřad vybere poplatek 10.000 korun za každou veřejnou zakázku, u které pisatel podnětu spatřuje pochybení. Jestliže poplatek nezaplatí současně s podáním podnětu, úřad jej nemusí vyřizovat.

Ke kritikům poplatku patří také ombudsmanka Anna Šabatová. Zatímco v roce 2016, ještě před zavedením poplatku, úřad obdržel 1305 podnětů k veřejným zakázkám, v roce 2017 to bylo pouze 93 zaplacených podnětů, uvedla loni v létě Šabatová. Dodala, že tak dochází k faktickému snížení kontroly veřejných zakázek. Vláda ale žádosti Šabatové o zrušení poplatku nevyhověla.