Proti totalitě se Šustrová postavila již během studia dějepisu a češtiny na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy. V roce 1968 založila s přáteli Hnutí revoluční mládeže, které spojoval odpor proti tehdejší situaci v Československu. Kvůli činnosti v hnutí pak strávila dva roky za mřížemi. Malého synka, který se jí narodil v roce 1967, mohla vídat jen při návštěvách ve vězení. Po propuštění byla kvůli perzekucím režimu dlouho bez práce.

Později se stala signatářkou a mluvčí Charty 77, spoluzakladatelkou Výboru na obranu nespravedlivě stíhaných a spolupracovala s několika samizdatovými časopisy. Za svou činnost byla komunistickým režimem perzekvována. Pracovat mohla pouze na poště a jako uklízečka a od roku 1982 nemohla sehnat vůbec žádné zaměstnání.

Jako disidentka se stala terčem komunistické tajné služby Státní bezpečnost (StB). Při výsleších StB čelila výhrůžkám i násilí. "Řekli, ať si stoupnu do kouta. A já blbec jsem se tam postavila – nevím, co se ve mně probudilo, nějaká poddanská povaha. A oni chodili za mnou a mlátili do plechové skříně pendrekem. Což jsou docela rány. Tak jsem fakt měla strach, protože jsem věděla, co se stalo jiným," popsala Šustrová jeden z výslechů archivu vzpomínek pamětníků Paměť národa. "Potom – že teda jdeme. Tak jsme šli a (příslušník StB) Šimák mi hodil občanku na zem. Jak jsem se sehnula, kopnul mě do zadku, takže jsem upadla. Vstala jsem a odkráčela úplně roztřesená hrůzou," uvedla.

Těžký osud ji ale nezlomil. Když v listopadu 1989 totalitní režim skončil, začala pracovat v Nezávislém tiskovém středisku a poté v týdeníku Respekt, který z něj vznikl. V letech 1990 až 1992 byla náměstkyní ministra vnitra. Poté působila jako novinářka a překladatelka z angličtiny, ruštiny a polštiny a mimo jiné také jako mezinárodní pozorovatelka několika voleb v zemích s ohroženou demokracií. Byla i scenáristkou dokumentárních filmů pro Českou televizi.

V říjnu 2008 byla zvolena členkou Rady ÚSTR, kterou pak v roce 2013 po několik měsíců do konce svého mandátu vedla. Za rok 2009 získala novinářskou Cenu Ferdinanda Peroutky.