Už v březnu 1985 Charta 77 vydala dokument (tzv. Pražskou výzvu) adresovaný mírovému kongresu v Amsterdamu (červenec 1985). Podle ní měla být urychleně zahájena jednání mezi NATO a Varšavskou smlouvou o rozpuštění vojenských bloků. 10. května 1990 na zasedání parlamentního shromáždění Rady Evropy ve Štrasburku navrhl prezident ČSFR Václav Havel mimo jiné postupnou přeměnu NATO a Varšavské smlouvy v nový bezpečnostní systém. 16. května 1990 ministr zahraničních věcí ČSFR Jiří Dienstbier promluvil na Harvardově univerzitě v Bostonu, kde se vyslovil proti existenci obou stávajících bezpečnostních struktur v Evropě. Jak je vidět, proslulý Havlův názor, že by oba vojenské bloky, stojící během studené války proti sobě, měly zaniknout, pokud možno zároveň, měl po jistý čas určitou odezvu i v politické praxi polistopadových elit. Avšak už 12. ledna 1991najdeme v programu OF konstatování, že „garanta míru a svobody spatřujeme v Alianci“. Ani „nejnovější vývoj nevede dle programu OF ke snížení jejího významu. NATO zůstává jedním z hlavních pilířů budování nového celospolečenského bezpečnostního systému.“ Načež byla 25. února 1991 jednostranně rozpuštěna Varšavská smlouva.

21. března 1991 navštívil prezident ČSFR Václav Havel jako první hlava postkomunistického státu sídlo NATO. Jeho názor na tuto organizaci zřejmě došel mezitím významné změny. Dějinné události pak šly jedna za druhou. 6. října 1991 ministři zahraničních věcí Polska, Maďarska a ČSFR na setkání v Krakově vydali společné prohlášení, v němž vyjádřili přání těchto států, aby jejich země byly zapojeny do činnosti NATO. 6. února 1995 ministr obrany Vilém Holáň po návratu z NATO byl už konkrétnější: řekl, že Česká republika vstoupí do NATO před rokem 2006. A nedlouho poté také, 21. března 1995, Holáň poprvé veřejně přiznal, že plné členství v NATO s sebou možná ponese i závazek týkající se rozmístění jaderných zbraní. I tato informace vzbudila v české veřejnosti negativní obavy. Proto, zřejmě pro jistotu, se v říjnu 1995 Václav Havel postavil proti pořádání referenda o vstupu České republiky do NATO. Takové referendum z významnějších politických sil tehdy požadovala zejména opoziční ČSSD, která v lednu 1996 odsouhlasila prosazování referenda o případném vstupu České republiky do NATO. Nelze vyloučit, že tento postoj byl jedním z faktorů volebního úspěchu ČSSD v parlamentních volbách na jaře toho roku (získala 26,4%, což je oproti volbám do České národní rady r. 1992, kdy měla jen 6,5%, docela výrazný skok). Mimochodem - skoro v týž čas, konkrétně 10. dubna 1996, Ministerstvo vnitra zaregistrovalo občanskou iniciativu Veřejnost proti NATO.

Václav Havel svůj odmítavý postoj k referendu o vstupu do NATO držel setrvale. 1. dubna 1997 prohlásil, že toto referendum je v podstatě nesmysl. Žádná země při vstupu do Aliance referendum nepořádala, s výjimkou Španělska, které, podle jeho slov, toho prý pak litovalo. Aliance je vlastně smlouvou mezi státy, a proto není nutné o ní rozhodovat referendem, mínil Havel. Na to reagovali opět sociální demokraté. 13. června 1997 předsednictvo ČSSD schválilo dokument, ve kterém se dále hlásí k referendu o vstupu do NATO, k bezjadernému statutu České republiky a k neumisťování cizích vojenských základen v republice.