Vláda informacím vojenské zpravodajské služby neuvěřila, protože vojenští zpravodajci již dvakrát totálně selhali - nic netušili o přípravách k anšlusu Rakouska a v květnu 1938 na základě falešných informací, jejichž pravost si neověřili, vyvolali mobilizaci a tím málem i válku s Německem.

Během zbývajících dní do okupace zbytku českých zemí se nikdo nepokusil o zničení vojenského materiálu a výzbroje, vše bez jediné výjimky padlo do rukou Němců, i prototypy nových typů tanků a výrobní dokumentace k nim, např. LT-38. Ba ani přípravy ke zničení se nepodnikly, údajně chrabří junáci, kteří před několika měsíci chtěli nebojácně bránit republiku před stejným nepřítelem, vše předali neporušené Wehrmachtu. Nikdo z důstojníků se nevzepřel, aby byť na nejnižším velitelském stupni armády nařídil zničení vojenské výzbroje; nenapadlo to ani řadové vojáky, všechny před několika měsíci údajně tak chtivé boje. Připomeňme vichistické loďstvo, které se samo potopilo, aby nepadlo do Hitlerových rukou.

Když československý štábní kapitán Otto Wagner předložil za války československé vojenské prokuratuře ve Velké Británii podnět ke zkoumání trestní odpovědnosti vysokých československých vojenských důstojníků za zhanobení cti čs. vojska tím, že se nepokusili v březnu 1939 zničit výzbroj a výstroj, byl Františkem Moravcem zřejmě na pokyn Beneše, určitě však s jeho vědomím, spolu s dalšími 28 umlčen, vyloučen z československé zahraniční armády a válku museli dobojovat po boku Svobodných Francouzů.

Když Neville Chamberlain vystupoval po návratu z Mnichova v Londýně z letadla, nedržel triumfálně nad sebou mnichovskou dohodu, nýbrž den po ní v Mnichově podepsané britsko-německé prohlášení o tom, že obě země nepovedou mezi sebou války, že budou konzultovat jakékoliv otázky týkající se obou zemí a pokračovat v úsilí při odstraňování možných zdrojů různic a tím přispět k zajištění míru v Evropě. V souladu se zněním tohoto prohlášení připomnělo Německo 28. 2. 1939 formální nótou Londýnu a další nótou i Paříži své pochybnosti o životaschopnosti Č-SR, které vyjádřilo již na mnichovské konferenci. Britská, ani francouzská vláda na nótu nereagovaly a tak se Hitler 13. 3. 1939 znovu obrátil nótou k britské vládě. Tentokrát Chamberlain svou konzultační povinnost splnil a odpověděl, že Velká Británie se „do záležitostí bezprostředně se týkajících jiných zemí“ nehodlá vměšovat. Tuto odpověď předal britský vyslanec v Berlíně Nevile Henderson ministru zahraničí Joachimu von Ribbentrop 14. 3. 1939 pozdě večer. Německá vláda však měla informaci o postoji Britů již dříve od své odposlouchávací služby.

Dvě polské divize se začaly 4. 3. 1939 stahovat k československým hranicím a byly 12. 3. připraveny k vpádu do těšínské části Československa a Beskyd. Od 13. 3. byla připravena polská armáda i na hranicích podkarpatskoruských. 11. 3. se vydala z kasáren maďarská armáda a zaujala pozice na hranicích východního Slovenska s Podkarpatskou Rusí, 13. 3. byli povoláni do zbraně záložníci a maďarský rozhlas hlásil, že 15. 3. se armáda vydá na pochod „osvobodit své rusínské bratry“. Maďarské vojsko 14. 3. 1939 dobylo i přes ozbrojený odpor československé armády Mukačevo a obsadilo ho.

Rozchod se Slováky začal ještě v posledních měsících trvání první republiky. V červnu 1938 zveřejnila ľudová strana k 20. výročí podepsání pittsburské dohody nový návrh autonomie pro Slovensko, který vycházel z Hodžova návrhu federalizace státu předloženého vládě v roce 1937. Beneš místo federalizace či autonomie slíbil reprezentantům strany ľudové administrativní a personální ústupky. S nimi se Slováci již nehodlali spokojit. Jako další eventuální možnosti Slováci zvažovali trojfederaci z českých zemí, Slovenska a Polska, slovensko-polskou unii, společný stát z českých zemí, Slovenska a Maďarska, unii tvořenou Slovenskem a Maďarskem, samostatný slovenský stát v rámci Německé říše, Slovensko jako samostatný neutrální stát garantovaný velmocemi, nebo slovenský stát pod německým protektorátem. Vedení strany ľudové však upřednostňovalo federativní společný stát s Čechy s právem Slováků na sebeurčení, což vyplývalo i z manifestu zveřejněného v Žilině 7. 10. 1938. Češi zřejmě otřeseni ztrátou území přiznali Slovensku a Podkarpatské Rusi autonomii, poslední ji měla nenaplněnou, na papíře již od mírových smluv v Paříži, vytvoření slovenské vlády a vlády Podkarpatské Rusi.

Přímý spor se Slovenskem (Slovenskou krajinou) začal v lednu 1939, kdy se Slováci dožadovali snížení svého příspěvku do státního (federálního) rozpočtu z 16 % na 12 % (české země 80, Slovensko 16 a Podkarpatská Rus 4 %), jak tomu bylo za první republiky. 1. 3. 1939 navíc odmítla federální vláda slovenské požadavky na rozdělení pluků na české a slovenské a na povyšování slovenských důstojníků a rotmistrů jako nepřijatelné. Pražská federální vláda, zřejmě podrážděná předcházejícím jednáním Ferdinanda Ďurčanského a Mikuláše Pružinského v Berlíně bez jejího svolení a skutečností, že z jednání ani ex post jí nepodali zprávu, a rozhovorem Jozefa Tisa a Karola Sidora s německými emisary Arthurem von Seyss-Inquart a Hammerschmiedem 7. 3. v Bratislavě si vynutila u prezidenta Emila Háchy protiakci. V noci z 9. na 10. 3. 1939 Hácha celou autonomní slovenskou vládu odvolal, tj. jejího předsedu Jozefa Tisa a tři ministry, a vojenský velitel v Banské Bystrici vyhlásil 10. 3. 1939 na Slovensku stanné právo. Bylo zatčeno kolem dvou set politických činitelů. 11. 3. jmenoval prezident Hácha novou, prozatímní slovenskou vládu v čele s Karolem Sidorem. Ďurčanský utekl do Vídně.

Německý ministr pro zvláštní úkoly Wilhelm Keppler pozval sesazeného Jozefa Tisa k rozhovoru s Hitlerem. Tiso dvakrát odmítl, ale po třetím pozvání, již ověřeném německým konzulem, se odebral z Bánovců nad Bebravou do Bratislavy. Političtí představitelé Slovenska rozhodli, že má pozvání přijmout, ale zdůraznili, že každé rozhodnutí je i nadále v kompetenci Snemu Slovenskej krajiny (Sněmu Slovenské země). S tímto pověřením Tiso odjel 13. 3. do Vídně a pak letadlem do Berlína. Týž den Hitler Tisovi oznámil, že se rozhodl zlikvidovat zbytek Čech, že jeho zájmy končí na Karpatech a je ochoten uznat a zaručit Slovákům nezávislost, jinak je ponechá svému osudu, což znamená napospas Maďarsku. V ten okamžik předložil Joachim von Ribbentrop telegram se zprávou o soustředění se maďarských vojsk u slovenských hranic. Hitler zdůraznil, že se Tiso musí ihned rozhodnout. Ten však nátlaku odolal, požádal o telefonické spojení a spojil se s Háchou, aby povolil svolat Snem Slovenskej krajiny. Hácha vyhověl a svolal jej na následující den. Němci nabízeli Tisovi použití vysílačů německých rozhlasových stanic k vyhlášení slovenské samostatnosti, ale ten odmítl, držel se instrukcí. Týž den ministr zahraničních věcí František Chvalkovský požádal ústně a den poté, 14. 3., písemně o přijetí Háchy Hitlerem ve v nejbližším možném termínu. Ke stejnému kroku radil Háchovi i Basil Newton, britský vyslanec v Praze. Kladné vyřízení přišlo z Berlína ve stejný den. Týž den v poledne Snem Slovenskej krajiny nezávislost odhlasoval, předsedou vlády a prezidentem se stal Jozef Tiso a Karol Sidor ministrem vnitra. Přes všechno slovenské úsilí o zrovnoprávnění ve státě a protičeské akce nelze Slovákům vytýkat, že rozbili Česko-Slovenskou republiku, k vyhlášení samostatného státu byli donuceni Německem. Hitler vzal slovenský stát v ochranu.

O průběhu jednání Háchy v Berlíně vypovídají dokumenty Mezinárodního vojenského tribunálu v Norimberku, díl XXI, paměti Hitlerova tlumočníka Paula Ottona Schmidta, oficiální protokol legačního rady Walthera Hewela z jednání Háchy s Hitlerem a Akta k německé zahraniční politice 1918-1945 (a to i ve vydání po válce spojenci cenzurovaném) cosi zcela odlišného, než líčí čeští historici. Již v berlínském hotelu Adlon, kde byl prezident s dcerou (zastávala úlohu první dámy – Hácha byl vdovec) ubytován, prohlásil vůči ministru zahraničí Joachimu von Ribbentrop ještě před svým setkáním s Hitlerem, že přijel, aby „vložil osud českých zemí do rukou vůdce“. Schmidt napsal: „Přesto té noci nedošlo k bouřlivým scénám mezi Háchou a Hitlerem, jak tehdy i později psal zahraniční tisk“. Podle dokumentů norimberského vojenského tribunálu (IMT) Hácha zahájil jednání s Hitlerem slovy: „Excelence, nevíte, jak vás obdivuji. Přečetl jsem všechna vaše díla a zajistil jsem si, abych mohl vyslechnout téměř všechny vaše projevy.“ Hácha pak ve svém projevu dále řekl, že celý systém (Masaryka a Beneše) mu „byl ostatně tak cizí, že po zvratu (po ustavení republiky v roce 1918) jsem si kladl otázku, zda vlastně Československo coby samostatný stát bylo šťastným řešením.“ K tomu dodal, že „pro Slovensko slzy ronit nebude“. V Hewelově protokolu se praví, že Hácha byl spíše poddajný než rozrušený, Hitlerovi se představil jako vídeňský c. k. správní soudce, který si kladl otázku po účelnosti Československa coby samostatného státu.

Ve stejný den, 14. 3., vyhlásila samostatnost země i vláda Podkarpatské Rusi. Předseda její vlády Augustin Vološin požádal Německo stejně jako Tiso o ochranu nového státu, Hitler mu ji ale neposkytl. Do druhého dne, do večera 15. 3., obsadila maďarská vojska celé podkarpatskoruské území.

Československá armáda selhala v okamžiku, kdy Wehrmacht obsazoval Ostravu o den dříve než zbytek českých zemí, 14. 3. 1939 odpoledne. Z obavy před zabráním dalšího území Polskem postupoval Wehrmacht dále směrem na Frýdek-Místek. Generál Alois Vicherek k tomu napsal: „Byl jsem ještě chvíli u štábu (generálního), kde jsem se dále dozvěděl, že již minulý den (14. 3. 1939) Němci obsadili Ostravu. Vyslovil jsem velké podivení nad tím, že nikde nedošlo k brannému odporu, když přece každá stráž musí v podobném případě použít zbraně. Od nikoho jsem nedostal žádnou odpověď. Rozrušen jsem odešel na MNO.“ (Ve Frýdku-Místku se nakonec jeden vojenský útvar postavil Wehrmachtu na odpor.) Rozkaz k nečinnosti čs. armády byl vydán až o den později.

Poslední hodiny českého státu nejsou ničím, na co by mohli být Češi hrdi. Čeští fašisté v uniformách obsadili budovu parlamentu. Bizarní scenérii v okolí Rudolfina podtrhovala nákladní auta plná židovských kultovních předmětů z vyrabovaných synagog, jimž velel karlínský holič Rovný. České fašistické úderky v té době přebíraly a demolovaly židovské obchody, firmy, kanceláře a ordinace. Státní moc proti tomu vůbec nic nepodnikla. Do rukou Sicherheitsdienstu a gestapa padly kompletní policejní kartotéky policejních ředitelství v Praze, v Brně a Moravské Ostravě a další důležité doklady z ministerstva vnitra. Nic z toho nebylo zničeno, Němci tak získali dokonalý přehled o potenciálních protivnících. O německých protivnících německého nacionálního socialismu v českých zemích gestapo a SD vedly a neustále doplňovaly tzv. kartotéku M, která jim umožnila ve spolupráci s českou policií zahájit již 16. 3. 1939 prověřování a zatýkání těchto osob. Do konce května 1939 bylo lustrováno odhadem 5800 - 6400 osob, z nichž asi 1500 skončilo v koncentračních táborech.