Motivy Beneše pro spáchání atentátu byly tři.

(1) Britové Benešově prozatímní československé vládě v Londýně předkládali úspěchy, jichž dosáhla podzemní hnutí v okupovaných zemích, neboť je pokládali za příspěvky ke společnému válečnému úsilí. V jejich pravidelných přehledech akcí se Československo umisťovalo vždy až ke konci každého seznamu, což pro Edvarda Beneše bylo, podle svědectví šéfa vojenské zpravodajské služby Františka Moravce, „trpké, že český lid nedokázal vytvořit silně aktivně bojující podzemní hnutí jako Francouzi; zejména na Francii velmi žárlil“. Beneš tedy navrhl, že se musí udělat něco okázalého, nějaký atentát, který zvrátí onen zapšklý klid ve vlasti. „Klíčovou myšlenkou operace Heydrich bylo vyvolat dojem, že Heydrich byl popraven lidem doma, jenž nemohl déle snášet jeho hrůzovládu.“

(2) Beneš potřeboval pro svou vládu v Londýně dosáhnout změnu jejího statusu. Když 21. 7. 1940 britská vláda svolila se zřízením provizorní československé vlády v exilu, tak to neznamenalo uznání uznání právní kontinuity první republiky, ani jejích hranic, ani nulitu Mnichovské smlouvy. Navíc podle názoru britské vlády československá vláda v Londýně reprezentovala jen český a slovenský lid, nikoli Československou republiku – Britové Beneše též upozornili, že československý stát zanikl již před válkou v březnu 1939. Protektorát a Slovensko měly své vlastní vlády, což byla situace zcela odlišná od ostatních exilových vlád okupovaných zemí, takže proč by měla Československo reprezentovat další, již třetí vláda v Londýně? Tah s atentátem se Benešovi povedl. Po ohlasu německé exekuce v Lidicích předává 4. 8. 1942 Robert Anthony Eden ministru zahraničí Janu Masarykovi dopis datovaný 5. 8. 1942, v němž se britská vláda zříká závazků vyplývajících z Mnichovské smlouvy a uznává Beneše a jeho exilovou vládu coby reprezentanty Československa.

(3) Snad nejzávažnějším důvodem atentátu byla Benešova obava, že by při eventuální akceptované německé nabídce na uzavření míru zůstal protektorát součástí Německé říše. V depeši z 15. 5. 1942 domácímu odboji to říká víceméně jasně: „Prorazí-li (Němci) až na Kavkaz, bylo by to vážné… V tom případě bych čekal ze strany Německa na návrhy na nerozhodný mír… jsou však dnešní poměry v protektorátu… t. j. spolupráce s Němci, Hácha… protektorátní vláda… velkým zatížením, ne-li velkým nebezpečím. V takové situaci by mohla také u nás býti žádoucí nebo nezbytná akce násilná, sabotage, manifestace. Bylo by to mezinárodně pro osud národa pro případ nějakých takových jednání buď ulehčením, nebo dokonce záchranou, i kdyby to stálo velké oběti.“