Domnívá se, že fungování Fondu kinematografie nelze směšovat s fungováním ostatních jmenovaných fondů. Fond kinematografie je nutným nástrojem pro zachování české filmové tvorby a také filmové kultury v regionech. Fond kinematografie funguje dlouhodobě hospodárně, transparentně a jeho činnost má jasné výsledky. Zpráva NKÚ nepředložila žádný relevantní důvod pro zrušení Fondu kinematografie.

Dne 13. 8. 2012 vydal NKÚ nešťastně formulovanou tiskovou zprávu, která budí dojem, že jeho šetření ve Státním fondu ČR pro podporu a rozvoj české kinematografie dopadlo velmi špatně a Fond kinematografie by měl být společně se Státním fondem kultury ČR, Státním fondem rozvoje bydlení a Státním fondem životního prostředí zrušen. Téma jako celek převzala média. Již dotčená zpráva NKÚ nicméně zdůrazňuje, že „Kontrolované státní fondy se vzájemně výrazně liší, a to jak výchozími podmínkami, tak objemem prostředků a rozsahem svěřeného majetku, ale i postavením, strukturou orgánů a mírou samostatnosti a odpovědnosti.“

Fond kinematografie funguje již dvacátým rokem. Za dobu své existence Fond kinematografie podpořil více než 2 000 hraných, animovaných a dokumentárních českých filmů a českých koprodukcí. Udělil podporu stovkám ročníků nejvýznamnějších českých filmových festivalů. Napomohl stovkám modernizací kin ze všech regionů České republiky, včetně 158 udělených dotací na digitalizaci kinosálů z celé České republiky. Díky tomu tato kina v regionech nezanikla. Fond kinematografie se stal základním pilířem české kinematografie – tradiční součásti české kultury, která ale nemá dostatečně velký trh proto, aby se byla schopna uživit sama bez veřejných prostředků. Filmový průmysl je obdobnou formou podporován také v ostatních zemích Evropské unie. Ve většině evropských zemí ovšem filmové fondy disponují řádově vyššími prostředky.

Zásadní připomínky, které se ve zprávě NKÚ objevují (rozpor z hospodářské odpovědnosti radních a MK ČR, nestabilní financování fondu), souvisí se stávající nekvalitní legislativou. Zákon č. 241/1992 Sb. o Státním fondu ČR pro podporu a rozvoj české kinematografie byl schválen pod tlakem historických události v roce 1992, kdy fakticky zkolaboval státní filmový monopol. Zákon je zastaralý a česká filmařská obec apeluje již řadu let za jeho změnu. Návrh zákona o audiovizi, který má být v následujících měsících předložen Poslanecké sněmovně Parlamentu ČR ke schválení, tyto nedostatky dostatečně řeší vznikem Kanceláře Fondu nebo vytvořením nových zdrojů pro financování filmu.

Kromě tří mimořádných dotací, jejichž celková výše představuje jen 11 % z rozpočtu Fondu kinematografie za uvedená období, nebyl Fond nikdy v minulosti zátěží pro státní rozpočet, prostředky Fondu kinematografie plynou z jiných než z rozpočtových zdrojů. Fungování Fondu kinematografie je úsporné a transparentní.

Rada Fondu kinematografie se domnívá, že Fond kinematografie není možné zrušit a neexistuje ani žádný relevantní důvod pro tento krok.