Odmítlo to Ministerstvo spravedlnosti i Krajské státní zastupitelství v Českých Budějovicích. Kriminální čin se proměnil, když malé tratoliště krve u podřezané dívky se stalo zdrojem úvah, že šlo o rituální vraždu s cílem získat krev křesťanské panny pro židovské obřady.

Hilsner byl odsouzen k trestu smrti. Ale uznání viny z vraždy se netýkalo motivů. Rakouské soudnictví neuznalo rituální vraždu. Trest změnil na doživotí František Josef I. Jeho nástupce Karel 1918 jej zrušil zcela. Výrok o vině zrušen nebyl.

Proti pověře o rituální vraždě vystoupil Tomáš G. Masaryk. Avšak jako prezident neinicioval nový proces. Snad nechtěl rozdělovat novou republiku. Například odpůrce Masaryka ve věci polenské vraždy byl předseda československého Ústavního soudu Karel Baxa, jenž zastupoval matku zavražděné a na rozdíl od státního zástupce poukazoval na vykrvení jako motiv vraždy. Hilsnerův obhájce Zdenko Auředníček se po procesu odstěhoval do Vídně, kde zůstal i po vzniku republiky a odmítl Masarykem nabízené místo na Nejvyšším soudu v Brně. O obnovu procesu nepožádal do své smrti 1928 ani Hilsner. To jej odlišuje od židovského kapitána Alfreda Dreyfuse, jenž byl v rámci antisemitismu ve Francii odsouzen za vlastizradu v roce 1895, ale domáhal se revize procesu, až byl roku 1906 rehabilitován a vrátil se do armády.