Faktické důvody zamítnutí námitek v rozhodnutí zcela chybí. Prokazatelně věcné námitky Prahy 5 byly namířeny proti vadně zpracovanému stanovisku EIA, které nerespektovalo faktický stav zátěží souvisejících zejména s provozem rekreačních lodí na Vltavě, kterým má nová komora sloužit.

Jednou z hlavních námitek byl rozpor stavby s ochranou Pražské památkové rezervace UNESCO, kdy stavba naprosto necitlivě zasahuje památkové ochrany centra Prahy. To bylo také důvodem zásahu Ministerstva kultury, které na jaře změnilo rozhodnutí orgánů památkové péče a prohlásilo stavbu plavební komory za nepřípustnou. Došlo by totiž k naprostému zničení jediného klidového úseku řeky v centru Prahy, který vytváří říční zrcadlo mezi Šítkovským a Staroměstským jezem. Zcela by pak vymizela malá rekreační plavidla a řeka by v této části ztratila svůj genius loci, který více jak 100 let funguje ve prospěch obyvatel Prahy.

„Rozhodnutí Ministerstva zemědělství je naprosto kuriozní“, říká místostarosta JUDr. Tomáš Homola (STAN) a dodává „Odvolání zamítlo to samé ministerstvo, které je zřizovatelem podniku Povodí Vltavy, tedy investora stavby. To ministerstvo, v jehož rozpočtové kapitole jsou plánované výdaje 750mil. Kč na stavbu komory. To ministerstvo, které je podřízeno Vládě ČR, která si stavbu komory dala do svého Národního investičního plánu, tedy ministerstvo, které je vládě přímo podřízeno. Ano, tak to u nás někdy chodí, že ten, kdo má na věci až osobní zájem, si o věci tak nějak sám rozhodne.“

Městská část proto podala proti rozhodnutí Ministerstva zemědělství žalobu u Městského soudu v Praze a současně očekává, že soud přizná odkladný účinek, o který radnice požádala. Kdyby tento odkladný účinek nebyl přiznán, mohly by nastat nezvratné škody.

Hlavní město Praha, Praha 5 a Praha 1 v srpnu 2019 podepsali memorandum o společném postupu proti výstavbě plavební komory. Praha 5 proto doufá, že i její partneři podají proti plánované stavbě své žaloby.