Střední nádrž vodního díla Nové Mlýny je přírodní rezervací v rámci soustavy Natura 2000, která chrání ty nejvzácnější a nejohroženější druhy živočichů, rostlin a přírodních stanovišť v Evropě. Zvýšení hladiny by mělo za následek zaplavení ostrovů s hnízdními koloniemi a likvidaci vzácných biotopů a mokřadů. Pro zmírnění negativních dopadů by bylo nutné velmi nákladně zvyšovat stávající ostrovy či budovat nové, stejně jako budovat rozsáhlé nové laguny.

V boji proti suchu pomůže zvýšení hladiny jen minimálně. Závlahové systémy v okolí nádrží jsou většinou zničené nebo nikdy neexistovaly. Aby tedy Nové Mlýny mohly plnit tuto funkci, vyžadovalo by si to další drastické a drahé zásahy.

Zvýšení zásobní hladiny sníží retenční kapacitu nádrží, tedy jejich protipovodňovou funkci. Vlivem dlouhotrvajícího sucha se mj. zvyšuje nebezpečí bleskových záplav, proto není žádoucí retenční kapacitu Nových Mlýnů snižovat.

Vodu je potřeba zadržet v krajině, ne ve velké nádrži. Navrhujeme proto soustředit se na jiná, účinnější opatření

Jedním z nejúčinnějších nástrojů k zadržování vody v krajině je zdravý les. Jihomoravské lesy jsou ve velmi špatném stavu, proto je zapotřebí se soustředit na jejich ozdravení – nahrazovat jednodruhové porosty smíšenými lesy, vysazovat nové a obnovovat lužní lesy, kterých kvůli budování novomlýnských nádrží padlo přes 1 100 hektarů.

Zásadní je změna způsobu hospodaření v krajině – velkoplošné zemědělství a používání nešetrných hnojiv má za následek degradaci půdy a její schopnosti vodu v krajině zadržovat. Je proto nutné změnit přístup k zemědělské půdě, vrátit se k menším polím, tvorbě remízků, protierozních pásů atd.

Potřebujeme vrátit řekám jejich původní podobu a funkci – říční niva má daleko lepší schopnost zadržovat vodu než umělá nádrž, musíme se proto soustředit na revitalizaci našich řek, obnovu říčních niv a budování mokřadů.