O významu oblasti Soutoku, nových poznatcích i o návrzích na její územní ochranu AOPK ČR pravidelně informuje ZDE.

Odklon od holosečné formy hospodaření, vedoucí ke vzniku stejnověkých monokultur na rozsáhlých plochách a ohrožující mnohé vzácné druhy rostlin i živočichů AOPK ČR navrhuje ve všech zpracovaných materiálech. Více ZDE.

Ve správě Agentury ochrany přírody a krajiny ČR  je pouze nepatrná část území Soutoku, konkrétně národní přírodní rezervace (NPR) Ranšpurk a NPR Cahnov–Soutok, dále proti proudu Dyje pak NPR Křivé jezero a národní přírodní památka (NPP) Pastvisko u Lednice, tzn. celkem 224 hektarů. Na většině plochy obou velkých evropsky významných lokalit (dále EVL) „Soutok–Podluží“ a „Niva Dyje“, které dohromady pokrývají téměř 13 000 hektarů, je v současnosti orgánem ochrany přírody Krajský úřad Jihomoravského kraje.

V roce 2008 byla AOPK CR pověřena přípravou návrhu na vyhlášení chráněné krajinné oblasti „Soutok“. Ten byl dopracován do podoby návrhu plánu péče, ovšem především kvůli nesouhlasu samospráv a některých dalších subjektů byly v roce 2010 další práce na přípravě CHKO zastaveny. Z novely nařízení vlády č. 318/2013 Sb. vyplynul požadavek na zpracování alternativního návrhu zajištění ochrany obou EVL, a to formou soustavy maloplošných zvláště chráněných území (MZCHÚ). AOPK ČR  tento alternativní návrh zaslala Ministerstvu životního prostředí v prosinci 2014. Porovnala variantu CHKO a variantu soustavy MZCHÚ a uvedla, jakým problémům se u soustavy MZCHÚ (oproti CHKO) nelze vyhnout. Přesto byla soustava MZCHÚ navržena tak, aby pokryla alespoň část přírodovědně nejcennějších lokalit v oblasti soutoku řek Moravy a Dyje.

Následně AOPK ČR na zadání ministerstva životního prostředí, po předchozím projednání rozsahu MZCHÚ, odevzdala ministerstvu návrh na vyhlášení NPR Lanžhotské pralesy (listopad 2018) a návrh na vyhlášení NPP Soutok (březen 2019). Pro další MZCHÚ, navrhovaným na území EVL Niva Dyje (NPP Janohrad a Dolní les, NPP Kančí obora a rozšíření NPP Pastvisko) jsou požadavky Agentury na budoucí management podrobně uvedeny v podkladech, poskytnutých pro zpracování nového lesního hospodářského plánu pro lesní hospodářské celky Židlochovice a Soutok na období 2020–2029, a to ve formě rámcových směrnic hospodaření.

Ministr životního prostředí Richard Brabec letos v srpnu dopisem vyzval generálního ředitele LČR, aby jím řízený podnik věnoval přípravě tohoto lesního hospodářského plánu zvýšenou pozornost. Upozornil jej, že z hlediska biodiverzity jde o území mezinárodního významu a hospodaření je zde potřeba zachování zdejších přírodních hodnot přizpůsobit.

Jednání AOPK ČR a LČR probíhají, snahou je společně najít řešení.