Nejstarší dlouhodobě činnou učenou společností u nás byla Královská česká společnost nauk (1784–1952), která zahrnovala vědy humanitní i přírodní. Mezi zakladatele patřili filolog Josef Dobrovský, historik Gelasius Dobner či matematik a zakladatel pražské univerzitní hvězdárny Joseph Stepling. V jejím čele později stál známý historik František Palacký.

Na počátku šedesátých let 19. století navrhoval přírodovědec Jan Evangelista Purkyně ve svém spise Akademia, aby vznikla mimouniverzitní vědecké instituce, která by sdružovala ústavy reprezentující hlavní obory tehdejší vědy. Jeho myšlenka instituce věnující se mezioborovému výzkumu je velmi blízká koncepci a struktuře současné Akademie věd ČR.

Josef Hlávka – zapálený mecenáš

Ve srovnání s počátkem šedesátých let 19. století byl tehdy nejen dostatek tvůrců i „konzumentů“ národně vymezené vědy, ale existoval také plán, jak by podobná instituce mohla vypadat a fungovat. V tomto kontextu bylo důležité, že se objevil movitý a zapálený mecenáš, který ideu prosadil a z velké části také zaplatil – celoživotní zakladatelské a budovatelské dílo architekta, stavitele a mecenáše Josefa Hlávky (1831–1908) tak v případě založení české akademie dosáhlo monumentálního završení.

Hlávkova akademie z roku 1890 svou starší sestru v podobě Královské české společnosti nauk zprvu příliš nepřekračovala. Jejím cílem byla opět společná zasedání vědců (a umělců) dělící se nyní již do čtyř oborových tříd, vzájemné seznamování se s výsledky vědeckého bádání a hlavně – a v tom spočívá zřejmě její největší přínos – publikování těchto výsledků. Zapomenout nelze ani bohatou podporu vědců formou badatelských stipendií.

Přestože se v akademii se zárodky budoucích moderních výzkumných ústavů (například Kancelář Slovníku jazyka českého z roku 1911 nebo rovněž Hlávkou založený, ale vedle akademie stojící Národohospodářský ústav) setkáváme již před I. světovou válkou, prosazoval se progresivní směr velmi pozvolna.

Od první republiky k současnosti

Nijak výrazně jej neurychlil ani vznik republiky v říjnu 1918, který zkrátil název instituce na Českou akademii věd a umění. Nejvýraznější změnou – a spíše jen výjimečně využívanou – se stalo snad jen umožnění přijímat za členy akademie i ženy.

Akademie v meziválečném období působila anachronně a její reforma byla otázkou času. Volání po přeměně neuniverzitní vědy nahrávala i skutečnost, že vedle „staré“ akademie vzniklo množství samostatných výzkumných ústavů a pracovišť, které po roce 1918 vznikaly nejen jako instituce vědy a výzkumu, ale často též jako expertní instituce, jejichž služby, rady a expertizy využívala Československá republika. Patřily mezi ně například Masarykova akademie práce či samostatné státní ústavy jako Slovanský, Orientální či Archeologický. Mezinárodní styky domácích institucí vyvrcholily vstupem do Mezinárodní unie akademií i do Mezinárodní rady badatelské.

Po nastolení totalitního režimu v roce 1948 byly zrušeny dosavadní hlavní vědecké mimouniverzitní instituce a učené společnosti. Na jejich místě vznikla Československá akademie věd (1953–1992), která zahrnovala jak soubor vědeckých ústavů, tak učenou společnost.

Přestože věda byla až do pádu režimu v roce 1989 podřízena silnému ideologickému tlaku, udržovala si tvůrčí potenci, a nalézala tak cestu ke světové vědecké komunitě. Svědčí o tom např. udělení Nobelovy ceny Jaroslavu Heyrovskému (1959) nebo světové uznání, které se dostalo Ottovi Wichterlovi za vynález kontaktních čoček. Ten se také stal prvním předsedou Akademie po návratu demokracie do naší země.

Současná Akademie věd ČR vznikla v roce 1992 jako nástupnická organizace Československé akademie věd. Představuje hlavní veřejnoprávní instituci zabývající se základním výzkumem v Česku.