Kromě správy cel má celní správa řadu dalších kompetencí, jejichž výkon plní státní rozpočet. Jedná se především o výhradní správu spotřebních a ekologických daní, ze které plynou příjmy nejvyšší. Pohonné hmoty, ovocné destiláty a jiné lihoviny, pivo, šumivé víno, cigarety či tabák, to vše podléhá spotřební dani, kterou každý z nás platí v ceně zboží.

Druhou největší příjmovou položku tvoří tzv. „dělená správa". Dělená správa proto, že ukladatelem peněžního plnění je jiný orgán, než ten, který ho vybírá a vymáhá. V běžném životě se s ní lidé setkávají například při placení pokut uložených Policií ČR. Pokud není pokuta zaplacena na místě policii, platí ji přestupce většinou složenkou či bankovním převodem příslušnému celnímu úřadu. Jestliže ji však nezaplatí, začne ji celní úřad vymáhat, a to i formou exekuce.

Celní úřad takto vybírá a vymáhá různá peněžitá plnění uložená ČOI, ČIŽP, obcemi, ÚP a dalšími a v neposlední řadě i plnění, která ukládá v rámci výkonu svých pravomocí. Jedná se například o pokuty za porušení povinností v oblasti mýta, dálničních známek, hazardu, nelegální zaměstnanosti, duševního vlastnictví, EET a dalších.

V roce 2018 vybral celní úřad 4 290 387 000 korun. Oproti předchozímu roku 2017 je to nárůst o více než půl miliardy. Na spotřebních a ekologických daních příjmy činily 3 362 708 690 korun, clo při dovozu bylo vybráno ve výši 566 988 197 korun a v rámci dělené správy bylo vybráno a vymoženo 360 690 196 korun. Celkový výběr cel a daní Celní správou ČR v roce 2018 ZDE.