Na území Jihomoravského kraje je síť regionálních vlaků dopravně integrována v systému IDS JMK. Rozsah dopravy bude výrazně ovlivněn celoroční výlukou ve stanici Brno hl.n., která je zapracována do jízdního řádu.

Stěžejní změnou, týkající se hned několika páteřních tratí v Jihomoravském kraji, je nadcházející výluka ve stanici Brno hl.n., která bude trvat po celou dobu platnosti jízdní řádu. Hlavní nádraží ale nebude uzavřeno, dojde „pouze“ k poměrně významnému omezení provozu, neboť nebudou možné jízdy vlaků v úsecích:

• Brno hl.n. – Modřice (směr Břeclav, týká se linek Ex3, R13, S3),
• Brno hl.n. – Brno-Chrlice (směr Křenovice horní nádraží, týká se jižní části linky S2),
• Brno hl.n. – Brno-Černovice – Brno-Slatina (směr Veselí nad Moravou, Olomouc, Přerov, týká se linek R8, R12 a regionálních linek S6, R56).

Vlaky na dotčených tratích (resp. linkách) zpravidla pojedou do jiných brněnských nádraží, v některých případech bude zavedena náhradní doprava. Dopravní opatření zapracovaná do jízdního řádu lze shrnout následovně:

• Linka Ex3, tj. railjety Praha – Brno – Vídeň – Graz a vlaky EC Praha – Budapešť, pojedou přes Brno dolní nádraží, zastaví i v Brně-Židenicích.
• Linka R8, tj. rychlíky Bohumín – Brno, pojedou do / z Brna-Králova Pole, zastaví i v Brně-Židenicích, kde bude možný přestup na vlak ve / ze směru Brno hl.n.
• Linka R9, tj. rychlíky Praha – Havlíčkův Brod – Brno, pojedou do / z Brna-Králova Pole.
• Linka R12, tj. rychlíky Šumperk – Olomouc – Brno, pojedou do / z Brna-Králova Pole, zastaví i v Brně-Židenicích, kde bude možný přestup na vlak ve / ze směru Brno hl.n.
• Linka R13, tj. rychlíky a spěšné vlaky Olomouc – Hodonín – Brno, pojedou z / do Brna dolního nádraží.
• Jižní větev linky S2, tj. osobní vlaky Brno – Křenovice horní nádraží, budou nahrazeny autobusy v úseku Brno hl.n. – Brno-Chrlice, v některých případech až po Sokolnice-Telnice.
• Linka S3, tj. osobní vlaky Žďár nad Sázavou – Tišnov – Brno – Vranovice – Břeclav, pojedou přes Brno dolní nádraží, kde zastaví. Kvůli omezené kapacitě dráhy však dojde ke snížení rozsahu dopravy.
• Pro linky S6 a R56, tj. osobní a spěšné vlaky od / do Veselí nad Moravou bohužel neexistuje univerzální opatření. Část vlaků i nadále pojede až do / z Brna hl.n., část vlaků bude vedena jen do / z Brna-Židenic, přičemž pro cestu do / z Brna hl.n. bude nutné využít jiný vlak a v Brně-Židenicích přestoupit, a vybrané vlaky pojedou jen do / z Brna-Slatiny.

Výluka se naopak nedotkne linek:

• R11, tj. rychlíků Plzeň – České Budějovice – Jihlava – Brno,
• R19, tj. rychlíků Praha – Česká Třebová – Brno,
• severní části linky S2, tj. vlaků Březová nad Svitavou – Letovice – Blansko – Brno,
• S4, tj. osobních vlaků Jihlava – Třebíč – Náměšť – Zastávka – Brno,
• S41, tj. osobních vlaků Hrušovany nad Jevišovkou-Šanov – Moravský Krumlov – Moravské Bránice – Brno.

Veškerá náhradní doprava bude zajištěna formou upravených nebo účelově zavedených linek brněnské MHD či regionálních autobusových linek IDS JMK. Platnost jízdních dokladů ČD v nich bude zajištěna, k některým však bude zapotřebí bezplatný kupón. Na území Brna budou sloužit jako náhrada za vlak následující linky MHD: