Obecně platí, že jsou písemnosti doručovány dle jejich povahy, tedy ve vztahu k datové schránce podnikající fyzické osoby typicky dle toho, zda se doručovaná písemnost vztahuje k její podnikatelské činnosti či nikoliv. Do datové schránky podnikající fyzické osoby budou doručovány dokumenty související s podnikatelskou činností držitele datové schránky (např. výzva k podání daňového přiznání k dani z příjmů z podnikatelské činnosti). Ostatní písemnosti nesouvisející s podnikatelskou činností budou i po zřízení datové schránky podnikající fyzické osoby doručovány listinnou formou („poštou“). 

V případě, že je doručována písemnost vztahující se k soukromé činnosti fyzické osoby, bude tato písemnost doručována do datové schránky, pouze v případě, že má fyzická osoba zpřístupněnu datovou schránku nepodnikající fyzické osoby.

V případě, že osoba se zpřístupněnou datovou schránkou preferuje elektronické doručování do datové schránky všech písemností, které to umožňují (tedy obecně písemností, které by jí jinak byly doručovány v listinné podobě), může správci daně sdělit, že žádá, aby jí byly veškeré písemnosti doručovány elektronicky do zpřístupněné datové schránky (obdobně to platí i pro určení, do které ze dvou čí více jí zřízených datových schránek mají být písemnosti doručovány). Požádat o doručování do datové schránky je třeba jednotlivě u všech orgánů Finanční správy ČR, které mají písemnosti do datové schránky doručovat.

Postup při doručování prostřednictvím datových schránek podrobněji popsán v pokynu GFŘ-D-7 dostupném na webu ZDE.