NKÚ v závěrech kontroly vytýká Finanční správě například nedostatečné kroky při odhalování možných daňových úniků prováděných pomocí propojených firem. Nejvyšší kontrolní úřad konstatuje, že „přes velký význam těchto údajů MF zavedlo pro jejich zjišťování pouze přílohu (tiskopis) k daňovému přiznání“ a dále že GFŘ neanalyzovalo, zda taková data skutečně mohou pomoci, nebo půjde jen o zbytečnou administrativní zátěž.

Podle stanoviska GFŘ je ale tento závěr zavádějící. Zavedení zmíněné přílohy bylo podrobeno veřejné diskusi se zástupci daňových poradců, akademické obce i velkých podniků. Ty proběhly před zavedením přílohy k převodním cenám. Diskutováno bylo několik variant včetně možnosti zavedení povinné dokumentace k převodním cenám, kterou má povinně zavedeno mnoho vyspělých států. Protože Finanční správa chtěla co nejméně zatížit daňové poplatníky, byla zvolena varianta přílohy k převodním cenám a nikoliv varianta povinné dokumentace. Příloha byla zaváděna na základě pozitivních zkušeností a důkladných analýz.

Přínos zavedení přílohy jednoznačně prokazují fakta, která měli k dispozici také kontroloři NKÚ. U subjektů podávajících přílohu v roce 2014 došlo oproti roku předchozímu k nárůstu základu daně o více než 8 % a ke snížení daňové ztráty o 35 %, a to po očistění o ukazatel ekonomického růstu. Dalším přínosem zavedení samostatné přílohy je lepší a efektivnější cílení daňových kontrol v oblasti převodních cen, což prokázal nárůst daňových doměrků v této oblasti, a to konkrétně ve změně daňové povinnosti ze 71 mil. Kč na 886 mil. Kč a u snížení daňové ztráty ze 131 mil. Kč na 8.503 mil. Kč. Stejně tak došlo ke zvýšení efektivity daňových kontrol v oblasti převodních cen a tím pádem nižšímu zatěžování poplatníků, kteří měli převodní ceny v souladu se zákonem.

Kontrola NKÚ se dále zaměřila na chyby vzniklé při kontrolách Finanční správy v souvislosti s chybně vyměřenou daní, která za roky 2013 až 2016 včetně úroků z vratitelného přeplatku činila 180 mil. Kč. Podle GFŘ je ale na uvedená čísla nutné nahlížet nejen optikou částek doměrků ve sledovaném období, které jsou v řádech miliard korun, ale i ve vztahu k celkovému inkasu daně, které ve sledovaném období činilo 565,5 mld. Kč. Tyto chyby Finanční správy v procentuálním vyjádření k celkovému inkasu daně činí pouze tři setiny procenta. Jedná o velmi malou chybovost, která svědčí spíše o dobré práci Finanční správy v dynamicky se měnícím legislativním prostředí.

GFŘ se ohrazuje také proti závěrům, že „vykazované statistiky o výsledcích kontrol finanční správy byly nadhodnocené“. GFŘ již řadu let konzistentně používá stejnou metodologii v oblasti vykazování výsledků FÚ, a to jak v počtu provedených kontrol, tak i v částkách, které vedly ke změně daňové povinnosti v důsledku daňových kontrol. GFŘ vždy, a to i ve výročních zprávách, uvádí, že za konkrétní rok bylo provedeno „n“ kontrol s celkovým doměrkem „xy Kč“. Z logiky věci totiž není možné po uplynulém období ihned ve výsledcích zohlednit výsledky opravných prostředků, resp. odvolacích řízení, neboť se mnohdy (obdobně jako samotné daňové kontroly) jedná o časově náročná řízení a je prakticky nemožné, aby byla tato řízení skončena ve stejném roce jako byly skončeny daňové kontroly. Pokud by  však měla Finanční správa změnit metodologii výkaznictví tak, jak naznačuje NKÚ, byla by veřejnost s výsledky daňových kontrol seznamována s odstupem až několika let po jejich faktickém skončení. 

Také je potřeba zdůraznit, že v předchozích kontrolách NKÚ nebylo výkaznictví kontrolním orgánem nikterak zpochybněno nebo rozporováno.

Kontrola NKÚ se také zaměřila na korunové dluhopisy (KD). Podle závěru NKÚ započala Finanční správa s kontrolami KD až na základě podnětu veřejnosti a médií. Proti tomuto zjednodušenému závěru se  GFŘ se důrazně ohrazuje.

Dluhopis je dluhový cenný papír a emitent jejich vydáním získává dočasně další finanční zdroje. Chová se tedy obdobně jako půjčka, kdy emitent za nabídku dluhopisu získává (za patřičný úrok) finanční prostředky. Zákon o daních z příjmů obsahuje nástroje, které správci daně umožní postihovat situace, kdy společník nekalým způsobem ze své společnosti odčerpává finanční prostředky. Bez ohledu na to, zda cestou vysokých úroků nebo formou zastřených vkladů. Tyto situace jsou dlouhodobě Finanční správou monitorovány, kontrolovány a doměřovány, a jsou také projudikovány soudy. Až dosud však nikdy nebylo potřeba tento titul doměrku evidovat samostatně jenom proto, aby se Finanční správa mohla obhajovat před útoky z nečinnosti. Současně je však vhodné uvést, že podněty veřejnosti či médií jsou běžným zdrojem informací, využívaným v rámci kontrolní činnosti Finanční správy, a nelze ho hodnotit jako nesprávný. To, že správci daně kontrolují a v minulosti kontrolovali oprávněnost zahrnutí finančních nákladů z úvěrových finančních nástrojů do základu daně, potvrzuje i veřejně dostupná judikatura Nejvyššího správního soudu.