Kromě elektronizace daní nebo většího přehledu firem o jejich povinnostech ale novela z dílny ministerstva financí přináší i opatření, která mohou podnikatelům jejich práci výrazně zkomplikovat.

Novela zákona počítá s prodloužením lhůty pro vrácení nadměrného odpočtu DPH ze současných 30 na 45 dní. To podle Hospodářské komory povede k problémům např. stavebních firem nebo exportérů, kteří běžně a zcela podle zákona generují vysoké odpočty. „Tento krok neodpovídá slibu vlády, že se chce více zaměřit na benefity a zvýhodnění pro podnikatele. U velkých firem může prodloužení lhůty pro vrácení DPH znamenat krátkodobý výpadek v cashflow až v řádech desítek milionů korun a následné ekonomické problémy,“ upozorňuje ředitel Odboru legislativy, práva a analýz Hospodářské komory Ladislav Minčič.

Hospodářská komora má také výhrady ke změnám, které novela přináší v otázce sankcí. Návrh totiž zcela maže kompenzaci za chybné postupy státu při doměřování a vyměřování daně, za které je ovšem plně odpovědný. Např. finanční správa tak bude firmě v případě pochybení hradit pouze úroky z doměřené částky. Podnikatel však v případě pochybení musí i nadále kromě úroku platit také penále. To Komora považuje za nerovnost mezi povinnostmi státu a daňových subjektů.

Na druhé straně ministerstvo financí přichází s opatřeními, která povedou k většímu pohodlí podnikatelů i k rozsáhlejší digitalizací daňové agendy. Dobrou zprávou pro podnikatele je prodloužení lhůty pro odevzdání daňového přiznání v případě, kdy jej podají elektronickou formou, stejně jako třeba zvýšení právní jistoty při vrácení, použití nebo převod vratitelného daňového přeplatku. Ministerstvo financí zároveň rozšiřuje možnosti speciální daňové informační schránky, která podnikatelům poskytne větší přehled v jejich daňových povinnostech.

Novela daňového řádu by měla po letech diskusí konečně přinést také institut tzv. samovyměření, kdy bude část nadměrného odpočtu DPH vrácena formou zálohy. Kvůli problematické faktuře v hodnotě desetitisíců korun tak nebude stát podnikateli zadržovat vratku za celé zdaňovací období, která může jít do milionů korun. Tento benefit je nicméně vykoupen zmiňovaným neférovým prodloužením standardní lhůty pro vratku o 15 dní.