Důvodem pro předložení žádosti je opakovaně prezentovaný nesouhlasný postoj České republiky ke zjištění Evropské komise ve věci střetu zájmů, uvedeném v auditní zprávě vztahující se k této problematice.

Dle expertů Ministerstva zahraničí je jediným krokem, který může Česká republika v případě nesouhlasu učinit, předložení věci k posouzení Soudnímu dvoru EU. Tento postup je možný pouze v návaznosti na neproplacení prostředků ze strany Evropské komise, kterému musí předcházet podání žádosti z české strany. Dle rozhodovací praxe Soudního dvora EU totiž samotná auditní zpráva nepředstavuje rozhodnutí Evropské komise a není proto možné se proti ní domáhat soudní ochrany.

Ministerstvo financí respektuje požadavek Evropské komise a výdaje společností z holdingu Agrofert do žádostí o platbu nevkládá. V tomto případě však Česká republika učinila výjimku a předložila žádost na základě odpovědi zástupců Evropské komise, kteří v reakci na dopis Ministerstva pro místní rozvoj a Ministerstva průmyslu a obchodu potvrdili, že předložení žádosti obsahující výdaje pouze jednoho projektu za účelem možnosti obrany České republiky před Soudním dvorem EU bude znamenat pozastavení pouze této žádosti, nikoli ostatních prostředků z Evropských strukturálních a investičních fondů.

Jedná se tedy o krok, který byl s Evropskou komisí předem konzultován a jeho jediným cílem je získat žalovatelný akt, který následně bude moci být Českou republikou napaden s cílem získat rozsudek Soudního dvora EU.