Informační systém NECHELA slouží k obchodování s nespotřebovanými chemikáliemi na komoditní burze. Ministerstvo průmyslu a obchodu již v námitkách proti kontrolnímu protokolu NKÚ uvedlo, že tento systém je jedním ze souboru systémových opatření, schválených vládou v roce 2008.

Samotný nízký objem zobchodovaných chemikálií není důvodem k tvrzení, že nevede k prevenci vzniku nelegálních skladů nevyužitých chemikálií. Jeho preventivní funkce mj. spočívá již povědomí o možnosti využít tento nástroj. Zcela zavádějící je tvrzení, že MPO vědělo již při přípravě, že o systém nebude zájem. Systém je plně funkční a MPO aktuálně jedná o možnostech rozšíření a zlepšení jeho využití. Poslední nabídka na odprodej chemické látky prostřednictvím tohoto systému se týká například čtyř tun kyseliny stearové.    

Co se týče systému NEO, v roce 2010, kdy byla tato veřejná zakázka malého rozsahu zadávána, nebylo zřejmé, že nebudou schválena potřebná legislativní opatření. Příčinou prodlevy ve využití realizovaných prací je dlouhodobé odkládání přípravy zákona o výrobcích s ukončenou životností, kterou nebylo možné v době zadávání zakázky predikovat. Věcný záměr tohoto zákona schválila vloni vláda. Podporuje mj. trh s druhotnými surovinami a tedy i využití systému NEO. MPO systematicky pracuje na využití tohoto systému i pro další komodity.

V tiskové zprávě NKÚ se též objevuje výtka týkající se rozdílů v cenách za podobné služby. MPO uvádí, že nelze jednoduše srovnávat služby prosté administrace ve smyslu dodržení zákona o veřejných zakázkách, kde se externí administrátor podílí i na odborné části zadávacích podmínek a poptávaného řešení, čili předmětu veřejné zakázky. Nejednalo se totiž o stejné služby a ne všechny externě administrované veřejné zakázky, které prověřoval Nejvyšší kontrolní úřad, se týkaly IT systémů. Veřejné zakázky, u kterých bylo využíváno služeb externích administrátorů, se lišily svou odbornou specifikací, věcným zaměřením, rozsahem poskytovaných služeb a časovým vymezením jednotlivých zadávacích řízení. Z toho důvodu byly z logiky věci externí služby poskytovány za různé ceny.

Ministerstvo průmyslu a obchodu by dále chtělo zdůraznit, že ceny byly určeny na základě veřejně přístupných veřejných zakázek, v rámci kterých mohl podat nabídku neomezený okruh uchazečů. Ceny byly stanoveny v tržním konkurenčním prostředí.

Navíc není pravdou a ani z kontrolního protokolu nevyplývá, že by externí služby Ministerstvo průmyslu a obchodu využívalo i v případě nejjednodušších veřejných zakázek zadávaných na e-tržišti. Žádná z těchto veřejných zakázek nebyla administrována externí společností. Na e-tržišti se zadávaly pouze navazující veřejné zakázky na externě administrované nadlimitní veřejné zakázky (tzv. minitendry), které však byly zadávány přímo pracovníky Ministerstva průmyslu a obchodu.

Externí služby byly při využívány pouze u těch nejsložitějších a podle předpokládané hodnoty nejdražších veřejných zakázek.

V kontrolních závěrech NKÚ nemá oporu ani tvrzení tiskové zprávy, že alespoň jednodušší zadávací řízení měli administrovat zaměstnanci ministerstva. Naopak, NKÚ samo v kontrolní zprávě uvádí, že mezi činnostmi Oddělení metodiky veřejných zakázek MPO není uvedena administrace veřejných zakázek.