Kontrola se zaměřila mimo jiné na to, jak obě instituce plní jednu ze svých hlavních činností, a na proces digitalizace. Ani necelých 9 let od vzniku díky nekvalitnímu procesu digitalizace obě instituce neplní svou základní roli, tedy zveřejňování dokumentů. Důležitým krokem pro zpřístupnění dokumentů je jejich převedení do elektronické podoby, jejich digitalizace. Až po ukončení kontroly NKÚ zřídil Archiv internetový přístup do vybraných archiválií.

Dokumenty určené k digitalizaci si mezi sebou obě instituce předávaly a jejich povinnosti při digitalizaci a kontrole byly popsány v realizační smlouvě o spolupráci. Archiv dokumenty uchovával a ÚSTR měl na starosti jejich převod do elektronické podoby. Podle kontrolorů ale ÚSTR a Archiv některé své povinnosti nedodržovaly anebo je neměly mezi sebou dostatečně vyjasněné, takže povinnosti plynoucí ze smlouvy ÚSTR ani Archiv neplnily. Například kvalita digitalizovaných dokumentů nebyla porovnávána s originálem. V letech 2012 až 2014 proběhla v ÚSTR a v Archivu řada specializovaných kontrol. Přestože z nichž vyplynula některá závažná zjištění, nebyla k nim v kontrolovaném období přijata zásadní nápravná opatření.

V letech 2012 a 2013 došlo v obou institucích k řadě personálních změn ve vedoucích funkcích. Náklady na tyto změny přesáhly 5 milionů korun. Odvolaným zaměstnancům vyplatily obě instituce odstupné za téměř 727 tisíc korun. Těm, kteří neměli podle zákoníku práce nárok na odstupné, navíc vyplatil Archiv podle kolektivní smlouvy „odchodné“ za více než 835 tisíc korun. V Archivu se tento postup týkal osmi zaměstnanců. Bývalí zaměstnanci se s ÚSTR a Archivem soudí. Dosud stály soudní spory obě instituce 3,6 milionu korun. Tato částka ale není konečná, protože některé spory ještě probíhají.

Kontroloři prověřili vedení účetnictví a zadávání veřejných zakázek a nezjistili žádná závažná pochybení.