Kontrola odhalila řadu systémových nedostatků – jednalo se například o chyby ve výběrových řízeních týkajících se především nákupů zdravotnického materiálu nebo o nefunkční vnitřní kontrolní systém. NKÚ v souvislosti se zjištěnými nedostatky oznámil finančnímu úřadu podezření na porušení rozpočtové kázně za 67 milionů korun.

V kontrolovaném období nefungoval vnitřní kontrolní systém Státního zdravotního ústavu. Ze zákona musí každá instituce veřejné správy stanovit pracovníky, kteří předběžně kontrolují nákupy a veškeré hospodářské operace dané instituce. Ústav ale tyto pracovníky neurčil a předběžná kontrola tak fakticky neexistovala. V praxi pak například ústav uhradil faktury, ve kterých byl uveden nesprávný dodavatel či jiné chybné údaje, nebo nezaregistroval, že daná smlouva už není platná a podobně.

Další nedostatky se týkaly nákupů speciálního zdravotnického materiálu pro přístroje na testování HIV a virových hepatitid. SZÚ od roku 2006 odebíral od dodavatele jednoho z přístrojů zdravotnický materiál, na jehož dodávky uzavřel smlouvu. V letech 2014 až 2016 ale nakupoval i takový zdravotnický materiál, který součástí této smlouvy nebyl. Místo aby na situaci ústav reagoval a vypsal odpovídající zadávací řízení, rozděloval veřejné zakázky v hodnotě od 11 do téměř 15 milionů korun na menší zakázky. Tím se vyhnul soutěži a zdravotnický materiál pořizoval od toho samého dodavatele. Ústav tak porušil zákon a jeho postup NKÚ vyhodnotil jako porušení rozpočtové kázně za téměř 39 milionů korun.

V jiném případě SZÚ v roce 2013 uzavřel s dalším dodavatelem smlouvu za sedm milionů korun také na dodávky speciálního zdravotnického materiálu, a to napřímo bez jakéhokoliv zadávacího řízení. Tím ústav opět porušil zákon a i tento postup NKÚ vyhodnotil jako porušení rozpočtové kázně.

Kontrola také ukázala, že v roce 2014 SZÚ nedodržel mzdový limit stanovený Ministerstvem zdravotnictví, které je zřizovatelem ústavu. Ten byl stanoven na 125 milionů korun, ale ústav na mzdách vyplatil 146 milionů korun. I v tomto případě podle NKÚ porušil rozpočtovou kázeň. SZÚ přitom měl možnost jednat s ministerstvem o navýšení mzdového limitu, čímž mohl těmto zbytečným problémům předejít.

V neposlední řadě SZÚ poskytoval svým zaměstnancům bydlení, za které od nich nepožadoval odpovídající úhradu. Například vedoucí zaměstnanec platil za zrekonstruovaný byt v Praze o výměře 53 m2 měsíčně 960 korun, a to včetně nákladů za energie, vodné a stočné, teplo a dalších položek spojených s bydlením.