Kontrola odhalila řadu systémových nedostatků – jednalo se například o chyby ve výběrových řízeních týkajících se především nákupů zdravotnického materiálu nebo o nefunkční vnitřní kontrolní systém. NKÚ v souvislosti se zjištěnými nedostatky oznámil finančnímu úřadu podezření na porušení rozpočtové kázně za 67 milionů korun.

V kontrolovaném období nefungoval vnitřní kontrolní systém Státního zdravotního ústavu. Ze zákona musí každá instituce veřejné správy stanovit pracovníky, kteří předběžně kontrolují nákupy a veškeré hospodářské operace dané instituce. Ústav ale tyto pracovníky neurčil a předběžná kontrola tak fakticky neexistovala. V praxi pak například ústav uhradil faktury, ve kterých byl uveden nesprávný dodavatel či jiné chybné údaje, nebo nezaregistroval, že daná smlouva už není platná a podobně.