Kontrola se týkala i údajů předkládaných pro hodnocení plnění státního rozpočtu. V těchto údajích a v závěrečném účtu MŽP zjistili kontroloři jen drobné nedostatky. V účetní závěrce ale vykázalo MŽP některé údaje chybně.

Ministerstvo například chybovalo při vykázání povolenek na emise skleníkových plynů, které jsou specifickým nehmotným majetkem. Ministerstvo tyto povolenky nesprávně ocenilo ke dni jejich zařazení do majetku. Když je pak k datu sestavení účetní závěrky ocenilo reálnou hodnotou, vyčíslilo nesprávně rozdíl z tohoto přecenění.

V příloze účetní závěrky MŽP nevykázalo podmíněnou pohledávku ve výši téměř 727 milionů korun. Ta vyplývala ze smlouvy o vzniku zástavního práva zapsaného v katastru nemovitostí. MŽP také nevykázalo podmíněné závazky z rámcových smluv na likvidaci důlních děl za více než 229 milionů korun.

Ministerstvo chybně nastavilo algoritmus pro výpočet údajů přehledu o peněžních tocích, což vedlo k vykázání chybných údajů tohoto přehledu.

Výše uvedené nesprávnosti však nemají rozsáhlý dopad na účetní závěrku, a tak mohl NKÚ konstatovat, že účetní závěrka MŽP za rok 2016 podává s výjimkou výše popsaných nesprávností věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví a finanční situace účetní jednotky.