Významné nesprávnosti, které zjistili kontroloři v účetní závěrce, se týkaly rozvahy, výkazu zisku a ztráty a přílohy účetní závěrky. V rozvaze MPSV nevykázalo zálohy poskytnuté formou dotace za téměř 7,2 miliardy korun. V příloze kontroloři vyčíslili nedostatky u některých podrozvahových účtů na 2 miliardy korun. V rozvaze a ve výkazu zisku a ztráty nevykázalo MPSV pohledávky a související skutečnosti z roku 2016 za 2,9 miliardy korun.

Některé významné nesprávnosti v účetní závěrce souvisely s tím, že MPSV napravilo jen část nedostatků, které zjistil NKÚ v předchozí kontrole. V letech 2017 a 2018 sice MPSV přijalo opatření, aby odstranilo nedostatky ve vedení účetnictví, ale ne zcela. Z celkem 22 opatření jich přijalo 14, u 7 byla opatření jen částečná a v jednom případě opatření nepřijalo.

S výhradou výše uvedených významných nesprávností za více než 12 miliard korun podává účetní závěrka za rok 2018 podle kontrolorů věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví. Při předchozí kontrole se NKÚ kvůli neprůkaznosti účetnictví nemohl ke spolehlivosti účetní závěrky za rok 2016 vyjádřit. Významné problémy ve vztahu k účetní závěrce ale přetrvávají, proto NKÚ ani k účetní závěrce za rok 2018 nevydal stanovisko bez výhrad.

Nedostatky, které mělo MPSV v údajích pro hodnocení plnění státního rozpočtu a v závěrečném účtu, nebyly významné.

U vnitřního kontrolního systému ministerstva NKÚ zjistil, že některé kontrolní mechanismy ve vedení účetnictví nefungovaly dostatečně spolehlivě. Zejména pokud šlo o inventarizaci a také při získávání správných a úplných informací pro vykazování podmíněných závazků z uzavřených smluv a ze soudních sporů. Například u licencí k softwaru MPSV nedoložilo, že jej může používat po dobu celého roku 2018 a také v dalších letech. Podle smlouvy jej totiž mělo používat do června 2018.

MPSV také porušilo rozpočtovou kázeň, když zaplatilo přes 794 tisíc korun za objednávky, které ale nebyly uveřejněny v registru smluv, a byly proto od začátku zrušeny.