Podle NKÚ je poměrně zásadním problémem relativně široký záběr všech podpor poskytovaných z veřejných zdrojů. Například v programovém období 2007 až 2013 bylo ze zdrojů EU spolufinancováno 273 dotačních titulů a v období 2014 až 2020 celkem 188 titulů. Takto rozsáhlý systém je značně nákladný a ve své podstatě zvyšuje riziko nesystémových podpor. Náklady na administraci programů spolufinancovaných z evropských strukturálních a investičních fondů pro roky 2014 až 2020 vyčíslil NKÚ na téměř 30 mld. Kč.

„Systém dotací je komplikovaný, zbytnělý a v důsledku toho jen obtížně řiditelný. Čím složitější je systém dotací, tím těžší je zabezpečit smysluplnost a také vzájemnou synergii poskytovaných podpor a snížit administrativní náročnost, kterou příjemci dotací často přenášejí na firmy ‚dotačního byznysu‘,“ okomentoval zjištění EU reportu prezident NKÚ Miloslav Kala.

Také Evropská komise zveřejnila před časem studii, ve které upozornila na administrativní náklady sedmiletého období PO14+. Pro ČR Komise vyčíslila předpokládanou pracovní náročnost za programové období jako celek na 34 300 pracovníků na plný úvazek. Tyto činnosti zajišťovali zpravidla vysoce kvalifikovaní úředníci, což přinášelo značné nároky na finanční zdroje. „Podle této studie byly administrativní náklady na přerozdělení jednoho milionu eur, tedy více než 25 milionů korun, vyčísleny v Česku na téměř 750 tisíc korun,“ dodal prezident NKÚ Miloslav Kala.

Komise přitom odhaduje, že náklady na administraci lze o čtvrtinu snížit. Správci dotačních titulů by například měli usilovat o jednotnou strukturu pro administraci všech dotací, které poskytují. Některé orgány v ČR totiž administrují jak národní, tak „evropské“ dotace a v podstatě tak „provozují“ paralelní administrativní struktury.

„EU report 2023“ vychází ze 14 kontrol schválených v období od 1. dubna 2022 do 31. března 2023. Tento počet představuje přibližně jednu třetinu všech kontrolních závěrů, které každoročně Kolegium NKÚ schválí. Vysoký podíl svědčí o tom, že kontrola prostředků majících vztah k rozpočtu EU je pro NKÚ dlouhodobou prioritou. NKÚ v té době zkontroloval téměř stovku institucí a dospěl k celkem 427 kontrolním zjištěním. Mezi nimi dominovala zejména porušení pravidel a smluvních podmínek (32,79 %), neúčelnost, nehospodárnost, neefektivnost (32,55 %) a porušení zákonných a podzákonných norem jako jsou např. zákony, vyhlášky či nařízení vlády (23,19 %).

Podle zjištění kontrolorů ubývá nedostatků spojených s nezpůsobilými výdaji či chybami ve veřejných zakázkách, avšak na významu nabývají nedostatky řídicího a kontrolního systému: oproti období před šesti lety vzrostly tyto zjištěné nedostatky více než dvojnásobně – z 20,3 % na 43,1 %. Kontroloři opakovaně upozorňují na to, že jsou nedostatečně nastaveny cíle programů a používají se nevhodné monitorovací indikátory. Ačkoliv se ČR postupem času naučila čerpat dotace rychle a plynule, pokud jde o dosahování adekvátní „hodnoty za peníze“, NKÚ stále zjišťuje případy, kdy jsou skutečné přínosy podpory přinejmenším diskutabilní.