Důvodem je počáteční nedostatek kvalitně připravených projektů i odložení výstavby trasy D pražského metra. MD nehodnotí přínosy podpory průběžně. Hodnoticí ukazatele si zatím nastavilo tak, že nebude moci zjistit, jak poskytnuté peníze pomohly zvýšit zájem o hromadnou dopravu nebo jestli se díky nim snížily emise škodlivých látek.

Podporu na výstavbu a modernizaci městské a příměstské dopravy v podobě tratí tramvají, trolejbusů nebo metra rozděluje MD od roku 2016. Schválilo celkem 42 projektů. Na konci října 2020 bylo dokončeno ale jen devět z nich. Z peněz vyčleněných na tuto podporu se navíc nepodaří vyčerpat minimálně 34 %. V první výzvě pro překládání žádostí o tuto podporu totiž nebyl dostatek kvalitně připravených projektů. MD také počítalo s pěti miliardami korun na výstavbu trasy D pražského metra. Příprava projektu se ale zpozdila a ostatní města už tyto peníze nezvládnou vyčerpat.

Kontroloři poukázali i na to, že MD nebude mít podle čeho zjistit, co skutečně podpora přinesla. MD sleduje jen výstupy, jako je například délka nových a zmodernizovaných tratí. Podle těchto ukazatelů ale nebude moci zhodnotit, jestli a jak se díky podpoře zvýšil zájem o městskou hromadnou dopravu oproti automobilové, jestli se snížily škodlivé emise nebo jestli se zlepšily a zrychlily spoje ve městech. MD také nehodnotí podporu průběžně, ale chce k tomu přikročit až na konci programového období. Jak bude hodnocení vypadat, si ministerstvo teprve ujasňuje.

U administrace projektů kontroloři zjistili, že zprostředkující subjekt, na který ministerstvo delegovalo část svých pravomocí, uzavíral rámcové smlouvy někdy i devět měsíců po schválení podpory. V dalších případech pak smlouvu uzavřel i po více než roce od skončení projektu. Kvůli tomu si příjemci museli výdaje hradit nejprve sami. Přitom výzva k podávání žádostí o podporu uvádí, že peníze na projekt dostanou příjemci před zahájením projektu právě na základě smlouvy.

Kontroloři se zaměřili také na stavební náklady u šesti srovnatelných projektů na výstavbu či rekonstrukci tramvajové trati. Porovnávali u nich ceny za 1 km trati. Ceny se pohybovaly od 33 do 122 milionů korun. Vliv na tyto cenové rozdíly měla složitost stavby i množství prováděných prací.