Kontroloři se zaměřili na komunikační systém GSM-R, obdobu veřejné mobilní sítě, avšak s některými specifiky pro železniční dopravu, a zabezpečovací systém ETCS, který předává informace a pokyny strojvedoucímu či v případě potřeby umožní převzít kontrolu nad vlakem. Zavedení těchto systémů má zvýšit konkurenceschopnost železniční nákladní dopravy vůči silniční a umožní také širšímu okruhu dopravců vstoupit na český železniční trh. NKÚ prověřil šest projektů dohromady za více než 2,1 miliardy korun.

Česká republika má systémy GSM-R a ETCS zavést podle EU na více než 2 600 kilometrech železničních tratí, čehož by měla dosáhnout do roku 2030, nejpozději do roku 2050. SŽDC v době kontroly zavedla zabezpečovací systém ETCS pouze na dvaadvacet kilometrů dlouhém úseku v rámci pilotního projektu. MD přitom původně počítalo, že tento systém bude v roce 2016 zaveden na více než 1 300 kilometrech, v roce 2015 tento předpoklad snížilo na necelých 300 kilometrů tratí. Komunikační systém GSM-R byl v době kontroly zaveden už na téměř 1 750 kilometrech. Na zpoždění se podepsalo i to, že MD nevytvořilo závazný harmonogram pro zavádění těchto systémů. Aby měly systémy předpokládaný efekt, musí vzniknout oba.

Kolik bude zavedení těchto systémů stát, není jasné. MD jejich celkovou cenu nevypočítalo. Resort jen stanovil odhady dílčích cen. Na základě těchto údajů lze odhadovat, že zavedení systémů vyjde na desítky miliard korun. Navzdory takto vysokým výdajům nebude moci MD vyhodnotit, jestli se zavedením těchto systémů dosáhne očekávaných přínosů pro železniční dopravu. Pro takové vyhodnocení totiž stanovilo indikátory, ze kterých toto nebude možné reálně posoudit.

Kontroloři se také zaměřili na zadávání veřejných zakázek. Ukázalo se, že při budování systému GSM-R vznikl monopol jednoho dodavatele, výherce pilotního projektu z roku 2005. Na vzniku tohoto monopolu se mohly podepsat podmínky a specifické technické požadavky, které SŽDC v zakázkách stanovila. U dvou ze čtyř prověřovaných projektů infrastrukturní části GSM-R byl tento dodavatel jediným uchazečem, u ostatních se přihlásili dva uchazeči, ačkoliv zadávací dokumentaci si vyzvedávalo až deset zájemců. U tří projektů se zájemci proti zadávacím podmínkám odvolali, na výsledku soutěže to ale už nic nezměnilo. Celkově šlo jen v rámci kontrolovaných projektů o zakázky za více než 1,9 miliardy korun. U takového monopolu přitom vždy hrozí, že se negativně promítne do cen následně vysoutěžených zakázek a výsledek se výrazně prodraží.

Na úrovni konkrétních zakázek pak kontroloři zjistili, že SŽDC v některých případech nesoutěžila mobilní telefony GSM-R, ale nakupovala je přímo od dodavatele zmíněných projektů, přestože pro to nebyl důvod. Mezi vysoutěženými cenami byly i podstatné rozdíly. Odolnější varianty mobilního telefonu odpovídající drážním potřebám nakupovala SŽDC v rozmezí od 40 tisíc do 64 tisíc korun, mobily GSM-R pro běžný provoz přitom pořizovala za téměř stejnou cenu kolem 15 tisíc korun.