Následným zrušením EET v lednu 2023 ztratili správci daně jeden z významných nástrojů pro cílené prověřování daňových úniků, v případě DPH pro odhalování daňových subjektů, které se nezaregistrovaly k DPH, přestože překročily zákonný limit pro povinnou registraci. Konstatuje to NKÚ po ukončení kontroly zaměřené na vybraná opatření proti daňovým únikům na DPH.

NKÚ vyhodnotil peněžní prostředky vynaložené Generálním finančním ředitelstvím (GFŘ) na kontrolní hlášení v letech 2015–2022 ve výši 257,6 mil. Kč jako účelné. Analýzou dat z kontrolních hlášení detekovala FS ČR více než 10 mil. rizikových transakcí a doměřila DPH za roky 2016–2022 ve výši 10,8 mld. Kč, což je 16 % z celkem doměřené daně v těchto letech. Mezi nejčastější zjištění FS ČR patřilo např. neoprávněné uplatnění odpočtu DPH z fiktivních faktur nebo to, že podnikatelé finanční správě neprokázali, že nákupy služeb, zboží či materiálu z přijatých faktur použili skutečně pro svoji ekonomickou činnost.

NKÚ kontrolou EET zjistil, že na základě dat z EET doměřila FS ČR v letech 2017–2019 na daních z příjmů a DPH celkem 652 mil. Kč, z toho 184,9 mil. Kč na dani z přidané hodnoty. Z pohledu DPH byla EET navíc prostředkem pro účinnější a administrativně jednodušší odhalení daňových subjektů, které překročily limit pro povinnou registraci k DPH, ale neregistrovaly se. Plátcem DPH se v kontrolovaném období stal např. ten, kdo nejvýše ve dvanácti po sobě jdoucích kalendářních měsících překročil obrat 1 000 000 Kč.

NKÚ při kontrole zjistil, že FS ČR s využitím dat z EET v letech 2017–2022 zaregistrovala k DPH celkem 7 167 daňových subjektů z důvodu překročení zákonného limitu. V letech 2017 až 2019 tak bylo z důvodu překročení zákonného limitu nově zaregistrováno k DPH každoročně v průměru 2 076 subjektů. Do té doby se roční číslo zaregistrovaných pohybovalo pod 70. Po pozastavení EET došlo v letech 2021 a 2022 k poklesu nových registrací k DPH dokonce jen na přibližně 20 ročně (viz graf níže).

Plnění povinností vyplývajících ze zákona o EET kontrolovaly FS ČR a Celní správa ČR formou kontrolních nákupů. Provedly celkem 258 656 kontrol a u téměř třetiny prokázaly porušení zákona o EET. Z uložených sankcí ve výši 229,7 mil. Kč bylo uhrazeno téměř 96 procent (tj. 220 mil. Kč).

Na zavedení a provoz EET vynaložily Ministerstvo financí, GFŘ a Generální ředitelství cel v letech 2015–2023 celkem 2,24 mld. Kč. Zavedení první a druhé vlny EET se mělo týkat 19 % daňových subjektů, které měly povinnost evidovat tržby. Tento předpoklad se v prvních dvou letech naplnil a do roku 2019 nárůst subjektů přihlášených do EET pokračoval. Z celkového počtu daňových subjektů přihlášených k EET tvořili více než 50 % plátci DPH. Povinnost evidovat tržby měla nabíhat ve čtyřech vlnách. V první vlně se evidovaly tržby za stravovací a ubytovací služby (prosinec 2016), druhá vlna zahrnovala velkoobchod a maloobchod (březen 2017).

Povinnost evidovat tržby dle zákona o EET pro subjekty zařazené do dalších dvou vln byla v důsledku rozhodnutí Ústavního soudu, a navíc i s ohledem na pandemii covidu-19 odložena. V období od 27. 3. 2020 do 31. 12. 2022 byla EET pozastavena a od 1. 1. 2023 zrušena.

Počet nově registrovaných subjektů k DPH z důvodu překročení limitu: