Kontroloři zjistili, že MŽP nemohlo vyhodnotit, jestli byly peníze vynaloženy účelně a měly skutečný přínos pro přírodu a krajinu. Nestanovilo totiž u programů, z nichž rozdělovalo dotace, konkrétní a měřitelné cíle. Příkladem mohou být dílčí cíle u OPŽP, podle nichž mělo prostřednictvím operačního programu dojít k „posílení biologické rozmanitosti“ nebo „zlepšení přírodních poměrů v lesích“.

Co se výstupů z programů týče, ministerstvo sice stanovilo konkrétní hodnoty pro jejich splnění, často je ale natolik podhodnotilo, že byly pak ve skutečnosti mnohonásobně překročeny. V případě OPŽP se tento problém týkal tří ze čtyř ukazatelů. Ministerstvo například počítalo s tím, že se z programu zrevitalizuje 10 km2 území, ve skutečnosti ale revitalizovaná plocha dosáhla 214 km2. Jako cíl si také dalo podpořit 150 projektů na zlepšení stavu přírody a krajiny, nakonec jich ale dotovalo 2 213. Obdobné problémy přitom kontroloři konstatovali už v podobně zaměřené kontrole v roce 2010. NKÚ naopak hodnotí pozitivně, že na další programové období 2014–2020 už MŽP nastavilo ukazatele lépe.

Podobné nedostatky jako NKÚ našel Evropský účetní dvůr (EÚD) při kontrole v roce 2014. Prověřil 32 projektů ve vybraných zemích EU včetně České republiky. EÚD zjistil, že k hodnocení úspěšnosti programů se používaly jen hmatatelné výstupy, jako je například počet a druh vysázených rostlin. Chyběly ale ukazatele, podle kterých by bylo možné říci, jak a jestli taková opatření pomohla ke zvýšení biodiverzity.