Nejvyšší kontrolní úřad prověřil peníze z dotací EU a státního rozpočtu poskytované v programovém období 2007–2013 v rámci „Programu rozvoje venkova“ prostřednictvím iniciativy LEADER. Ta měla za cíl zlepšit kvalitu života ve venkovských oblastech prostřednictvím zapojení místních subjektů. Kontroloři se zaměřili nejen na to, jak Ministerstvo zemědělství (MZe) tuto část programu řídilo. Prověřili také výběr projektů, administraci a přidělování dotací žadatelům ze strany Státního zemědělského intervenčního fondu a místních akčních skupin (MAS), které působily v konkrétních oblastech ČR. Podle kontrolorů byla administrace projektů duplicitní a zdlouhavá. Ministerstvo dostatečně neřídilo a nevyhodnocovalo, jestli a jaký přínos měly projekty konečných příjemců. Na rozvoj venkova prostřednictvím iniciativy LEADER přitom putovaly téměř 4 miliardy korun.

Kontroloři prověřili také to, jak je nastaveno rozdělování peněz v programovém období 2014–2020, a zjistili závažné problémy. Kvůli ještě složitějšímu a náročnějšímu systému rozdělování dotací, než v předchozím období, se zpozdil začátek čerpání peněz z EU. Za první tři roky aktuálního programového období se tak na komunitně vedený místní rozvoj nevyčerpaly žádné peníze z EU. Podle NKÚ existuje riziko, že se do konce období nestihnou všechny přidělené prostředky vyčerpat.

Podpora rozvoje venkovských regionů má pomoci projektům, které vycházejí z potřeb místních obyvatel a podnikatelů. Proto jsou do strategického plánování, administrace a výběru projektů financovaných z dotací zapojeny MAS. V jejich rámci partnersky spolupracují místní subjekty z veřejné i soukromé sféry. V programovém období 2007–2013 MZe podpořilo 112 MAS, které pokrývaly přibližně 2/3 území ČR. Mezi jednotlivými MAS existovaly velké rozdíly v počtu podpořených projektů i v objemu čerpaných peněz. Projektů konečných příjemců bylo v rámci jedné MAS od 27 do 97 a přidělené dotace se pohybovaly od přibližně 12 do 89 milionů korun.

Podle kontrolorů MZe nestanovilo optimální podmínky pro čerpání dotací. Ministerstvo také neposkytlo MAS informace, kolik peněz maximálně mohou během programového období 2007–2013 rozdělit. MAS pak jen obtížně nastavovaly cíle, kterých chtěly dosáhnout. Cíle MAS často nebyly konkrétní, měřitelné ani reálné. Některé z nich nebyly naplněny a jiné byly naopak překročeny až o stovky procent. MAS také chybovaly v hodnocení projektů. MZe zároveň podpořené projekty dostatečně nesledovalo. Nemělo tak dostatek informací, aby vyhodnotilo, jestli podpořené projekty opravdu naplňují místní potřeby.

V probíhajícím programovém období 2014–2020 už sice MAS prošly standardizací, ta ale byla jen formální a ke zlepšení práce MAS nepomohla. Navíc je velmi složitý a zdlouhavý proces schvalování strategií. Na rozdíl od předchozího programového období totiž musí MAS slaďovat priority a cíle podle podmínek až čtyř dotačních programů.