Podpora bydlení v České republice vychází z koncepce předkládané MMR, které je za politiku bydlení zodpovědné. Koncepce ale neobsahuje ukazatele, podle kterých by bylo možné hodnotit, jestli se cíle v podpoře bydlení daří plnit. Neuvádí ani, kolik peněz bude ke splnění těchto cílů potřeba. Koncepci podpory bydlení si navíc SFRB nechal zpracovat externí firmou, přestože tato problematika je jeho hlavní a téměř jedinou náplní práce. SFRB za koncepci zaplatil přes 2 miliony korun.

Stát poskytuje podporu i lidem, kteří mají ze sociálních nebo zdravotních důvodů zhoršený přístup k bydlení. MMR přidělilo na výstavbu 9 453 bytů dotace za téměř 4,9 miliardy korun. Žadatelé o dotace na byty pro znevýhodněné lidi nemusí prokazovat, zda jsou v dané lokalitě byty opravdu potřeba. A když už podporu získají, MMR nesleduje, zda byty opravdu využívají sociálně či zdravotně znevýhodnění nájemci. Příjemcům dotace ministerstvo umožnilo pronajmout byt na jeden rok i někomu, kdo do cílové skupiny nespadá. Kontroloři NKÚ prověřili 9 náhodně vybraných projektů. Zjistili, že příjemci dotace z celkem 71 nových či zrekonstruovaných bytů 18 pronajali lidem, kteří nespadají do cílové skupiny. Jeden z kontrolovaných příjemců například z devíti bytů pronajal pouze jeden byt znevýhodněnému nájemníkovi, i když uváděl, že všechny byty pronajal lidem z cílové skupiny.

U tří příjemců odhalila kontrola také podezření na porušení rozpočtové kázně za více než 8,5 milionu korun. Jeden z příjemců například získal od MMR dotaci o více než 100 tisíc korun vyšší, než kolik jej ve skutečnosti celý projekt stál.

Součástí podpory bydlení je také příspěvek MMR na hypoteční úvěry. Cílem mělo být zvýšení dostupnosti hypoték na stavbu domů a bytů pro mladé lidi do 36 let. Administraci této podpory zajišťují na základě smluv banky. V letech 2011 až 2015 MMR novým žadatelům podporu neposkytovalo. Více než 37 milionů korun dostaly banky za administraci klientů, kteří na příspěvek nemají kvůli nízkým úrokovým sazbám nárok a banky je jen vedou v evidenci. NKÚ také kritizuje, že MMR za administraci příspěvků k hypotékám zaplatilo bankám víc, než kolik vyplatilo na samotných příspěvcích.