Kolonoskopie umožňuje lékaři prohlédnout dolní část trávicí trubice – konečník a tlusté střevo – prostřednictvím kolonoskopu, což je přístroj, který se skládá z ohebné hadice, optického aparátu, malých pracovních nástrojů, procesoru a obrazovky, na níž lékař vidí obraz střevní stěny. Při vyšetření lze zároveň bezbolestně odebrat vzorek tkáně nebo odstranit malé střevní nádorky, tzv. polypy.

Pro úspěšné vyšetření je nezbytná dokonalá příprava pacienta, která spočívá ve vyprázdnění střev. Lékař vám jistě vysvětlí, jak máte před výkonem postupovat. Tři dny před vyšetřením se jí pouze kašovitá strava a den před vyšetřením jsou dovoleny pouze tekutiny. Do večera byste měl vypít asi 4 litry tekutiny a užít přesnou dávku lékařem předepsaného projímadla. Musíte počítat s tím, že se budete opakovaně postupně vyprazdňovat; proto je vhodné být v domácím prostředí. Den před vyšetřením užijte jen nejnutnější léky (pozor, léky na ředění krve je třeba vysadit po dohodě s ošetřujícím lékařem většinou už týden předem).

Kolonoskopie se provádí při současné aplikaci lokální anestezie a podání hypnotika (tlumícího léčivého přípravku). Lokální anestetikum ani hypnotikum pacient nehradí, oba tyto přípravky jsou zahrnuty přímo do hodnoty zdravotního výkonu kolonoskopie, který je plně hrazen z prostředků veřejného zdravotního pojištění. Výjimečně se toto vyšetření provádí na základě indikace ošetřujícího lékaře v celkové anestezii (především u dětí nebo psychiatrických pacientů). Pokud je lékařem indikováno provedení kolonoskopického vyšetření v celkové anestezii, je anestezie rovněž plně hrazena z prostředků veřejného zdravotního pojištění. Neindikovaná anestezie (tj. pouze na přání pacienta, bez zdravotního důvodu) hrazena z prostředků veřejného zdravotního pojištění není. Cenu, kterou byste musel zaplatit, by vám měl lékař předem sdělit.

Z vyšetření však není třeba mít obavy. Než začne, dostanete injekci proti bolesti a na zklidnění. Položíte se na vyšetřovací stůl na levý bok a lékař vám opatrně zavede ohebnou hadici kolonoskopu do konečníku. Klidně při vyšetření dýchejte, nežvýkejte a nehýbejte se. Lékař s vámi bude průběžně komunikovat a upozorňovat vás, co se bude dít dále (při postupu kolonoskopu střevem je např. potřeba pacienta někdy trochu naklonit apod.). Vyšetření trvá přibližně 15 až 20 minut. Výsledek vám lékař oznámí ihned po výkonu, jen z odebraných vzorků tkáně budou nálezy zhruba za týden. Pokud vám byl odstraněn polyp, budete poučen o možných komplikacích, vhodné stravě a denním režimu pro následující dny.

Po skončení kolonoskopie pacient zůstává ještě nějakou dobu v klidu (cca půl hodiny). Pak je schopen odejít "po svých". Vzhledem k podaným injekcím by ale měl být vždy někým doprovázen.