Ministerstvo financí souhlasí s NKÚ, že projekt JIM byl příliš ambiciózní a především od roku 2008 až do zrušení jeho realizace nedostatečně řízen. Souhlasí i s výtkou týkající se absence nového IT systému, který měl být součástí projektu JIM. Na druhou stranu je však potřeba konstatovat, že částka cca 3,5 mld. Kč byla, až na dílčí pochybení zjištěná NKÚ, čerpána na s JIMem související technickoorganizační opatření (např. převedení cca 500 pracovníků zdravotních pojišťoven a ČSSZ do Finanční správy a další výdaje související se zajištěním, proškolením a vybavením personálních kapacit). „Přesto, že se nejednalo o neúčelné vynakládání prostředků, považuji takovou praxi za nepřijatelnou a netransparentní, neboť souvislost těchto nákladů s projektem, na který byly rozpočtovány, byla nedostatečná a zpochybnitelná,“ uvádí ministr financí Andrej Babiš. Případy, u kterých bylo identifikováno skutečné porušení rozpočtové kázně v celkové výši 41 mil. Kč (viz str. 14 kontrolního závěru NKÚ), již řeší příslušné finanční úřady.

Ministerstvo financí považuje zjednodušení a zefektivnění výběru daní, cel a sociálního a zdravotního pojištění za jeden ze svých cílů v daňové oblasti. Poté, co se podařilo podniknout řadu opatření v boji proti daňovým únikům a Finanční správa zásadním způsobem zlepšila výběr daní, je nyní prostor pro opatření ke zjednodušení daňového prostředí. Proto MF již v červnu představilo projekt Moderní a Jednoduché daně (tzv. MOJE daně). Tento projekt obsahuje nový IT systém Finanční správy, nový zákon o daních z příjmů, samovyměření a daňový kiosek. Tento projekt, který přinese požadované zjednodušení a zefektivnění, reflektuje i zjištění, která učinil NKÚ v kontrolní akci k JIM. Zejména staví na novém IT systému, který je nezbytným předpokladem pro moderní správu daní. Reflektována jsou také doporučení NKÚ týkající se potřeby zajištění kvalitního projektového řízení. Teprve spojení všech těchto předpokladů může znamenat skutečné vytvoření integrovaného systému správy daní a pojistného.