Mezi spotřební daně patří například daň z minerálních olejů, daň z lihu, daň z tabáku nebo energetické daně. Kontroloři se zaměřili především na to, jestli jsou výdaje Celní správy ČR (CS) na správu spotřebních daní efektivní. Zabývali se také efektivností výdajů na projekty za 68 milionů korun, které měly zlepšit fungování a řízení CS a přinést úspory.

Celkové inkaso spotřebních daní od roku 2010 stouplo o více než 10 miliard korun a v roce 2015 dosáhlo více než 148 miliard korun, což v přepočtu na osobu dělá 13 200 korun za rok. Ve srovnání se zeměmi OECD měla sice Česká republika ze spotřebních daní stále nadprůměrné příjmy, ale podíl spotřebních daní na celkových daňových příjmech státu klesal. V roce 2014 dosáhl nejnižší hodnoty od roku 2005. Ve srovnání s okolními státy má Česká republika například nízké sazby energetických daní (viz obrázek).

Sazby spotřebních daní k 1. 1. 2016 – nafta a benzin (v €/litr), zemní plyn (v €/GJ), elektřina (v €/MWh)

Zdroj: Evropská komise – Excise duty tables – part II – Energy products and Electricity.

NKÚ vyhodnotil výběr spotřebních daní v porovnání s ostatními daňovými příjmy jako efektivní. Kontroloři srovnali podle různých metodik administrativní náklady na výběr 100 korun spotřebních daní a zjistili, že v nejpřesnější metodě výpočtu v roce 2015 dosáhly tyto náklady 0,73 korun na 100 korun příjmů. Ať už kontroloři zvolili jakoukoli metodu výpočtu, vyšlo jim, že v letech 2013 až 2015 náklady na výběr spotřebních daní rostly.

Náklady na výběr spotřebních daní zvyšuje narůstající počet povinností a rostoucí počet subjektů, kterých se tyto povinnosti týkají. Například náklady na analýzy, které jsou potřeba pro vydání povolení, se od loňska kvůli novým pravidlům šestinásobně zvýšily. Nesnižuje se ani administrativní zátěž spojená s výběrem spotřebních daní. Generální ředitelství cel s cílem získat potřebná data ke správě spotřebních daní zavedlo několik IT produktů, jako je například interaktivní elektronický daňový formulář DAP nebo evidence kontrolních známek. Stanovilo také, v jaké podobě mají daňové subjekty vyplňovat různé evidence. Získaná data ale nedokáže dostatečně automatizovaně zpracovávat.

Úsporu 83 milionů korun ročně by přineslo, pokud by administrativní úkony, které nyní zpracovávají celníci ve služebním poměru, začali vykonávat „civilní“ zaměstnanci, jako je tomu například u Finanční správy ČR. Celníci by měli plnit úkoly, které odpovídají náplni práce bezpečnostního sboru, kterým CS je.

Kontroloři se také zaměřili na dva projekty, které měly zlepšit fungování CS a ušetřit. Projekt modernizace celní správy za 51 milionů korun měl změnou organizační struktury z třístupňové na dvoustupňovou přinést úspory personálu a zvýšit efektivitu CS. Své cíle projekt splnil jen částečně a změny, které přinesl, šlo provést i bez něj. Nepodařilo se například snížit personální zdroje. Počet systemizovaných míst klesl mezi lety 2012 až 2015 oproti předpokládaným 403 jen o 13 civilních zaměstnanců. Výdaje na CS dokonce narostly v těchto letech o 460 milionů korun. Změnu řízení CS měl přinést projekt komplexního zavedení procesního a strategického řízení CS za 17 milionů korun. Ani tři roky po tom, co projekt skončil, se ale řízení CS nezkvalitnilo a ani se nezefektivnily procesy, které měly snížit administrativní zátěž.

NKÚ prověřil i dohled nad dopravou a výrobou zboží zdaněného spotřebními daněmi a konstatoval, že je v souladu s právními předpisy EU a významně překračuje jejich minimální požadavky.